По мнению мирзы Хайдера, киргизы принадлежали к тому же народу, как монголы, и отделились от монголов только вследствие частых восстаний против монгольских ханов; кроме того, монголы приняли ислам, киргизы оставались язычниками, что также вызывало вражду между ними. Последнее известие не совсем точно: мы увидим, что стоявший некоторое время во главе киргиз предводитель, вышедший из среды самого народа, носил имя Мухаммед; но и по всем другим известиям киргизы в то время и еще долго спустя не считались мусульманами; очевидно, они по внешности на мусульман не походили. Из этого можно заключить, что их не коснулась рука таких ревностных распространителей ислама, какими были монгольские ханы XV века, особенно умерший в 1416 г. Мухаммед-хан, заставлявший всех своих подданных носить чалму: непослушным вбивали в голову гвозди. Между тем в состав владений Мухаммед-хана входила и та местность, где впоследствии жили киргизы: ему приписывается постройка здания Таш-рабат на северном берегу озера Чатыр-куль.
Мирза Хайдер ничего не знал о прибытии киргиз и, очевидно, полагал, что в той стране, где он их знал, они жили издавна, по крайней мере со времени прибытия монголов. Несмотря на полное отсутствие сведений о киргизах и рассказе о походах Тимура, автор исследования об "этническом составе тюркских племен и народностей" Н.А. Аристов, был убежден, "что так как по Тарини Рашиди" народ этот в начале XVI века оказывается занимающим западный Тянь-Шань, видимо в качестве аборигенов, то не может быть сомнения, что и кара-киргизы (в XIV в) находились на своих нынешних местах". Аристов идет еще дальше и старается доказать, что к "кыргызскому племени" принадлежали и прежние обитатели западного Тянь-Шаня, начиная от усуней, кочевавших, по его мнению, "в III столетии до Р. X., между Танну-ола и восточным Тянь-шанем. Отсюда покоренные хуннами усуни, около половины II-го века до Р. X., были двинуты в западный Тянь-шань". "Истинное народное имя" усуней по мнению Аристова, "было всегда кыргыз".
Против этих мнений, помимо полного отсутствия известий о киргизах в западном Тянь-шане до XVI в., говорит факт, что эти киргизы и в XVI в. считались чуждыми исламу и мусульманской культуре. Из этого можно заключить, что их присутствие в западном Тянь-шане в XVI в. не находилось в связи с теми событиями эпохи киргизского великодержавия, когда влияние киргиз, действительно, распространилось до западного Тянь-шаня; повидимому, после утраты киргизами великодержавного могущества никаких киргиз на юго-западе не осталось. Столь же мало вероятно, чтобы киргизы были здесь в эпоху принятия ислама средне-азиатскими монголами. Более правдоподобно, что киргизы принимали участие в походах на запад их южных соседей, языческих ойратов или калмыков. Из Тарихи Рашиди и некоторых других источников видно, что вторжения калмыков в Моголистан начались в 1420-х годах и временно прекратились в 1470-х годах, когда калмыки очистили Моголистан и вернулись в свою страну: только Мансур-хан после своего оттеснения из Карашар и Турфан вновь должен был воевать с калмыками. Возможно, что в калмыцком движении приняли участие некоторые племена киргиз и что эти киргизы после ухода калмыков остались на западе, в Тянь-шане, хотя и об этом в источниках ничего не говорится.
