В 1842 г. в жизни Рулье произошла крупная перемена, которая определила всю его дальнейшую деятельность. Он получил, по конкурсу, кафедру зоологии в Московском университете и оставил преподавание в Медико-хирургической академии. С тех пор его профессорская деятельность до самой смерти протекала в стенах этого старейшего в России рассадника высшего образования, где он завоевал большую популярность и основал целую школу своих учеников и последователей.
Другой ареной плодотворной деятельности Рулье было Московское общество испытателей природы — старейшее естественно-научное объединение в России, основанное в 1805 г. Г. И. Фишером фон-Вальдгейм и существующее поныне. Рулье был в течение ряда лет секретарем этого общества и редактором издававшегося им журнала «Вестник естественных наук».
Перейдем теперь к рассмотрению научной и просветительной деятельности Рулье в бытность его профессором Московского университета. Еще на студенческой скамье, может быть, под влиянием своего учителя Г. И. Фишера, он заинтересовался палеонтологией — новой тогда областью биологии, которая только формировалась в самостоятельную научную дисциплину. Рулье стал совершать геологические и палеонтологические экскурсии по окрестностям Москвы, изучая отложения юрской системы и заключенные в них окаменелости. Особенно усердно занимался наш ученый этой работой в первую половину 40-х годов. Этот период его жизни можно назвать «геологическим» (1841–1848).
Рулье был живым, энергичным, увлекающимся человеком, который не терпел работать в одиночку. Он собрал вокруг себя целую группу сотрудников, частью из своих слушателей-студентов, частью из посторонних лиц, и вместе с ними обходил и объезжал подмосковные окрестности — ближние и дальние, заглядывая и в соседние губернии. В числе его постоянных спутников были студенты Воссинский, Анненков, Щеглеев и др., начинающий геолог И. Б. Ауэрбах, впоследствии соперник и хулитель Рулье, профессиональный коллекционер Фрейерс, англичанин по национальности, уже пожилой человек, который раньше работал препаратором у Фишера и хорошо изучил окрестности Москвы, хранитель Минералогического музея Фаренколь и другие лица. Рулье предводительствовал этой пестрой компанией, восторгался удачными находками, тут же строил предположения об их значении и, не откладывая дела в долгий ящик, сообщал о виденном не только в научных изданиях, но даже в газетах. Так, например, в университетской газете «Московские ведомости» появился в 1845 г. об этих экскурсиях целый ряд статей-отчетов, написанных очень живо и интересно. Статьи Рулье в научных изданиях носили, разумеется, более специальный характер; они печатались в журнале Московского общества испытателей природы, как тогда было принято, на иностранном языке.
