Таким образом, в вопросе о происхождении видов Бэр по-прежнему оставался трансформистом. Но каковы пределы этой трансформации, можно ли, действительно, провести эволюционную линию от простейших до человека, — к такого рода вопросам Бэр стал относиться осторожнее. Он вовсе не отрицал, что такого рода всеобщая эволюция возможна. Но он указывал, что наука не имеет пока в своем распоряжении достаточного количества фактов, доказывающих правильность этого взгляда. Действительно, в 30-х годах прошлого века ни палеонтология, ни сравнительная анатомия не располагали исчерпывающим фактическим материалом этого рода. Припомним, что родственная связь позвоночных с беспозвоночными была выяснена лишь тремя десятилетиями позже благодаря работам А. О. Ковалевского, И. И. Мечникова и др.
Работа Бэра по эмбриологии, которой он занимался все предыдущие годы, приучила его к особой точности и осторожности в выводах. Он на практике убедился, что даже такие замечательные наблюдатели, какими были его предшественники в области изучения эмбрионального развития животных (например, Вольф и Пандер), не раз ошибались и делали неправильные заключения. Постепенно Бэр стал все более и более скептически относиться ко всем теориям, не вытекающим непосредственно из твердо установленных и проверенных фактов. Очевидно, под влиянием такого настроения он и начал с сомнением расценивать эволюционные настроения широкого масштаба, которые носили характер научных предвидений, обгоняющих опыт.
Занимаясь сравнительной анатомией и эмбриологией, Бэр пришел к выводу, что всех животных по общему плану их строения можно разделить на четыре основные группы, которые он назвал типами животного царства. Таких типов наш ученый различал четыре: червеобразные, лучистые, моллюски и позвоночные. Внутри этих типов он видел переходные промежуточные формы, которые связывали между собою различных представителей типов. Но связи между типами при тогдашнем состоянии науки не были достаточно выяснены, и о них можно было только гадать. Поэтому Бэр и признал, что говорить о родственных отношениях между отдельными группами животных можно только внутри типов, поскольку для этого имеются фактические доказательства; говорить же о филогенетической (кровно-родственной) связи между типами не следует, пока в науке не наберется для этого доказательный фактический материал. «Но все же я не могу найти сколько-нибудь вероятных данных, — пишет Бэр в упомянутой нами статье, — говорящих за то, что все животные развились друг от друга путем превращения одних в другие».
