Таким образом, Бэр считал, что животный мир состоит не из отдельных, изолированных неизменных видов, как думали в то время почти все зоологи, но из родственно связанных между собою групп, причем высшие формы произошли от более простых и несложных.
Эту кровную связь Бэр представлял себе не в виде одного восходящего ряда форм — от простейших до человека, наподобие ступеней лестницы. По Бэру, эта связь гораздо сложнее и скорее может быть представлена в виде ветвей дерева, отходящих от общего ствола. В своей незаконченной книге о классификации животных Бэр даже набросал вчерне подобную схему, представив родство животных графически. Основная линия эволюции идет, по Бэру, от простейших, через кишечнополостных, иглокожих и моллюсков — к хордовым. Для хордовых основным стволом эволюции являются рыбы, которые связаны с млекопитающими через китообразных и ластоногих. Конечно, это была ошибка, которая объясняется недостаточным знанием о строении и развитии животных в науке того времени. Рептилии и птицы, по Бэру, представляют боковые ветви эволюционного ствола.
В другой своей работе, относящейся к 1825 г., носящей название «О родстве животных», Бэр сделал попытку представить наглядно родственные отношения между различными группами класса млекопитающих. Он показал при этом, что между типичными представителями отрядов млекопитающих имеются формы менее типичные, обладающие признаками, которые сближают их с соседними отрядами. Бэр называет такие формы «пограничными». Таким образом, между типичными группами имеются переходы. В целом, наш ученый представлял себе филогенетические отношения млекопитающих следующим образом: основным стволом являются хищные, которые дают много пограничных форм; от этой группы, по выражению Бэра, «идет мост» к насекомоядным, а от последних — к грызунам; с другой стороны, хищные связаны с ластоногими и китообразными через такие формы, как выдра, тюлень, дельфин и т. д.; наконец, от хищных же, — говорит Бэр, — «отходит мост к копытным через крота, ежа и множество иноземных форм».
Эти мысли Бэра о связи через переходные формы хищных с ластоногими и хищных с копытными, а также грызунов с насекомоядными, высказанные в то время, когда палеонтология и сравнительная анатомия млекопитающих находились еще в начале своего развития, следует считать замечательным научным предвидением.
В одном своем докладе, относящемся к 1822 г. и озаглавленном «Как развилась жизнь на земле», Бэр подходит к этому же вопросу с точки зрения истории Земли. Все данные, какие имеются по этому вопросу, — говорит Бэр, — «показывают нам, каким образом при образовании живого организма последний по мере развития своих частей делается все совершеннее, и позволяют предполагать, что, при согласном ходе природы во всех операциях, сперва образовались на земле простейшие организмы и что человек замыкает этот ряд… Если это справедливо, — говорит автор, — то история животного мира должна быть древнее, чем история человечества, а история земли древнее, чем история животного мира».
