Во второй половине 1930-х гг. публичная критика Н. Вавилова как директора ВИРа усилилась. Вновь и вновь отмечалось отставание института от решения срочных сельскохозяйственных проблем; чрезмерная академичность работ многих его ведущих сотрудников. А. К. Коль в 1936 году, в статье "Реконструкция растениеводства СССР", повторил свои утверждения, что в ВИРе "был допущен крен на прикладную ботанику, т. е. на академическую морфологическую систематику сельскохозяйственных культур, не давшую, в конце концов, нашему строительству ничего реального. Всем известное отставание Всесоюзного института растениеводства от задач социалистического строительства в сельском хозяйстве своими корнями уходит именно в этот неправильно допущенный крен"[83]. Коль отмечал, что источниками форм сельскохозяйственных растений для их дальнейшего улучшения должны были бы быть не дикие дебри и горы, а центры цивилизации. Эти свои тезисы он повторял и в более поздних публикациях.
Сменивший А. К. Коля в должности зав. отделом интродукции[84] института Г. Н. Шлыков тоже неоднократно выступал с критическими оценками деятельности Вавилова и его руководства ВИРом. "За истекшее десятилетие Институт Растениеводства не мог выделить ни одного сорта из растений хлебных злаков, который, пройдя конкурсное государственное сортоиспытание, оказался бы действительным шедевром и тем самым доказал бы непосредственное практическое значение для нашего земледелия вавиловских "центров""[85].
Критика Вавилова звучала на страницах газет, в стенах Академии наук, ВАСХНИЛ. 4 октября 1937 года в "Правде" появилась статья "На старых позициях", в которой отмечалось, что громадные средства на экспедиции не оправдали себя; что институт, вместо сортов, дал сотни монографий и ботанических описаний. В 1937 году было урезано финансирование ВИРа. В Учёный совет института был введён, независимо от Вавилова и вопреки его желанию, ряд новых членов. В мае 1939 года президиум ВАСХНИЛ, после обсуждения отчёта ВИРа, признал его работу неудовлетворительной.
В те же годы к публичной критике Вавилова начали добавляться письма в парторганы и НКВД с требованиями расследования его деятельности. Так, 27 марта 1935 года, в письме на имя Сталина вицепрезидент ВАСХНИЛ Бондаренко и парторг академии Климов, утверждали, что "в качестве Президента он (Вавилов) фактически представляет в настоящее время отрицательную величину, фигурируя, как таковой, лишь в торжественных случаях… борьба за решительный поворот и перестройку науки в сторону практических запросов социалистического сельскохозяйственного производства, на что указывал т. Сталин на XVII съезде партии, вызывает глухое сопротивление части старых научных работников".
