В начале 1930-х гг. политическая поддержка Н. Вавилова в верхушке партийной элиты СССР существенно уменьшилась. В декабре 1930 г. вместе с предсовнаркома Рыковым покинул ключевую должность управделами СНК Горбунов. Он перешёл на работу в научные структуры и, хотя его отношение к Вавилову продолжало оставаться дружеским, уже не имел возможности оказывать своему протеже такой поддержки, как ранее.
Осенью 1932 года, когда Вавилов находился в очередной длительной загранкомандировке, сначала в США, а потом по ряду стран Латинской Америки, для проверки деятельности ВИРа была создана комиссия ЦКК-РКИ. В своих выводах по итогам обследования института она пришла к заключениям, фактически повторявшим критические замечания А. Коля: работа многочисленного коллектива направлена не на интродукцию в СССР лучших образцов зарубежных сортов, а на сбор коллекции семян, включавшей дикие и малокультурные формы растений, на их систематику и изучение морфологии.
Вскоре после своего возвращения из Латинской Америки в феврале 1933 года, Н. Вавилов имел, по словам его близких сотрудников, "неприятный разговор в ЦК".
Примерно в то же время, когда деятельность Н. Вавилова как директора ВИРа стала подвергаться публичной критике в центральной прессе, против него дал показания ряд арестованных агрономов и экономистов-сельскохозяйственников, а также несколько видных работников ВИРа. Вавилову инкриминировался "подрыв и запутывание семенного и селекционного дела в СССР" и "контрреволюционная деятельность" (что в те времена означало оппозицию, в какой-либо форме, сталинскому режиму). Эти показания, число которых с каждым годом возрастало, стали особенно опасными для Вавилова во второй половине 1930-х гг., после разгрома верхушки троцкистской группировки и падения его политических покровителей ― "старых большевиков" Горбунова, Яковлева.
Позиция Сталина. И. В. Сталин оценивал деятельность руководителей организаций и ведомств по результатам выполнения взятых ими или порученных им заданий.
"Сталин обычно не руководствовался личными симпатиями и антипатиями, а исходил из интересов дела" (И. А. Бенедиктов).
"Заслужить доверие Сталина можно было исключительно реальными результатами при выполнении крупных, ответственных, истинно государственных задач, и ничем кроме" (Н. К. Байбаков).
В 1920-30-х гг. ключевыми задачами научно-практической работы в сельском хозяйстве СССР являлись: внедрение новых, более высокоурожайных сортов зерновых и технических культур; интродукция лучших образцов отселектированных культурных растений из государств с высокоразвитым сельским хозяйством; разработка агротехнических приёмов повышения урожайности. Всё это было особенно важно для страны, пережившей несколько катастрофических голодных лет. Однако коллектив ведущего научно-практического сельскохозяйственного учреждения СССР, Всесоюзного института растениеводства, возглавлявшегося Н. Вавиловым, основную часть усилий тратил на другие задачи: сбор общемировой коллекции семян с/х растений, изучение их морфологических признаков, решение проблем географической ботаники. И специалисты-растениеводы, и руководители наркомата земледелия неоднократно отмечали отрыв тематики работ ВИРа от решения требовавшихся сельскому хозяйству страны задач. Нарком земледелия (с 1938 г.) И. А. Бенедиктов оценивал деятельность вавиловского института следующим образом:
