В середине 1930-х гг. дикие евгенические проекты советских генетиков-вейсманистов, наконец, привлекли внимание сталинского руководства. Видимо, "последней каплей" было письмо Мёллера Сталину. Сталин сообразил, что предлагаемая евгениками программа приведёт к краху государства. Ведь людям, во всяком случае, требуется что-то кушать. А значит, кому-то надо производить полезные продукты. Если же поощрять распространение в стране "евгенически ценных" то, конечно, эстрадных комиков, валютных спекулянтов, аферистов-приватизаторов чужого имущества, плагиаторов и шарлатанов в науке будет становиться всё больше и больше ― но в конечном итоге, все вымрут от голода ― и "ценные" и все остальные. Поэтому даже без долгих раздумий Сталин пришёл к выводу, что "ценных", вопреки их рекомендациям, надо не поощрять, а наоборот, строго ограничивать, как поступает и сама Природа на протяжении уже тысячелетий. И в первую очередь надо ограничить теоретиков "евгенизации".
С июля по декабрь 1936 года в центральной прессе прошёл ряд публикаций с резкой критикой евгеники. В конце 1936 года были проведены научные конференции с критикой расизма и евгеники. Осенью 1936 года директор Медико-генетического института С. Левит был раскритикован в центральной прессе, а в декабре исключён из партии. Медико-генетический институт был закрыт осенью 1937 года.
А. Серебровский, Н. Кольцов, Г. Мёллер и евгеники рангом пониже (С. Давиденков,) практически не были наказаны за свою лженаучную евгеническую пропаганду. Серебровский в конце 1936 года написал ещё одно "покаянное письмо", открещиваясь от своего проекта 1929 года; в этом письме, адресованном в президиум ВАСХНИЛ, он назвал свои предложения наполненными "целой цепью грубейших политических и антинаучных ошибок". Мёллер в 1937 году вообще покинул СССР. Кольцов за свои евгенические теории был словесно осуждён весной 1939 года коллективом возглавлявшегося им института и комиссией президиума АН; освобождён от должности директора (тогда же); раскритикован в прессе; провален на выборах в академики АН СССР (тогда же), но никаким другим репрессиям не подвергся. Хотя осудить свои евгенические теории он, в отличие от Серебровского, категорически отказался.
Кампания против евгеники во второй половине 1930-х гг. оказала влияние на ход дискуссий между мичуринцами и вейсманистами. В ходе её лидеры вейсманистов ― Мёллер, Серебровский, Кольцов — скомпрометировали себя лично как учёные в глазах общественности и руководства страны поддержкой лженаучных положений евгеники, а доктрины своей школы ― использованием их для обоснования шарлатанских евгенических проектов.
