А пока стрельцы настаивали на том, чтобы оба царевича были провозглашены царями, а Софья — регентшей при них. «Нельзя ее обвинять в создании стрелецкого мятежа, но трудно было бы ждать от нее, чтобы она этим мятежом в своих видах не воспользовалась», — замечает биограф Софьи.
В конце концов, после множества убийств и бесчинств, которые совершали стрельцы, «добиваясь справедливости», нашли компромисс, который хотя бы на словах примирил обе враждующие партии. Царями провозгласили сыновей покойного государя от обоих браков — Ивана («старший» царь) и Петра («младший»).
Как регентша при малолетних братьях, Софья, «по многом отрицании, согласно прошению братии своей, великих государей, склоняясь к благословению святейшего патриарха и всего священного собора, призирая милостивно на челобитие бояр, думных людей и всего всенародного множества людей всяких чинов Московского государства, изволила восприять правление…». Царевна должна сидеть с боярами в палате, выслушивать доклады думных людей о государственных делах, и ее имя будет стоять во всех указах рядом с именами царей.
Равновесие, однако, оказалось неустойчивым: Наталья Кирилловна понимала, как выгодна была бы сторонникам Софьи смерть малолетних соправителей, и берегла их пуще собственного глаза. Неслучайно политические противники прозвали царицу «медведицей».
Регентша немедленно сформировала свой «кабинет министров», раздавая государственные посты своим приближенным: боярам князьям В. В. Голицыну, И. М. Милославскому, И. Б. Троекурову, В. С. Волынскому, И. Ф. Бутурлину, Н. И. Одоевскому, Ф. С. Урусову, окольничим И. П. Головнину, И. Ф. Волынскому, М. С. Пушкину, стольникам князю А. И. Хованскому, князьям М. и В. Жировым-Засекиным, думным дворянам В. А. Змееву, Б. Ф. Полибину, А. И. Ржевскому, И. П. Кондыреву, думным дьякам В. Семенову, Е. Украинцеву. Она опиралась в основном не на родовитых бояр, а на «служилых людей», дворян.
Осенью 1682 года, перед самой коронацией царевичей, в Москве вспыхнул новый бунт — на этот раз недовольство высказывали старообрядцы. Им удалось снова возмутить стрельцов. Царскую семью и двор уведомили, что если кто-то из них заступится за церковные власти, то всем, начиная с юных царей, «от народа не быть живым». Софья усмирила бунт раскольников, действуя то хитростью, то силой. Она смело назначила «прение о вере» в Грановитой палате и там, втянув расколоучителей в яростный спор, продемонстрировала выборным стрельцам, что их новые лидеры — просто смутьяны и скандалисты. Прения затянулись до вечера, а ночью расколоучители, у которых почти не осталось сторонников, были схвачены и вскоре казнены.
