После трехсуточного отдыха на Гуаме Магеллан двинулся дальше и в середине апреля провозгласил испанским владением архипелаг Сан-Лазар - будущие Филиппинские острова, точнее, три из них - Самар, Минданао и Себу, а жителей обратил в христианство. Правителя Себу - раджу Хумабона - Магеллан крестил и под именем Карлос (в честь испанского короля) назначил верховным правителем новообретенной колонии. Однако соседний остров Мактан отказался признать его власть и выплатить дань.
Но Магеллан уже загорелся идеей создать на Самаре, Минданао и Себу католическое королевство во главе с королем Карлосом Себуанским и помочь подчинить ему весь архипелаг. А чтобы Хумабон не раскаялся в союзе с Испанией, Магеллан решил преподнести ему Мактан «на блюдечке», эффектно завоевав его без помощи туземцев.
По его наущению правитель Себу организовал против мятежников карательную экспедицию, в ней принял участие и Магеллан. 27 апреля в одной из стычек Магеллан погиб от удара копьем в лоб: уповая на помощь свыше в столь богоугодном деле, он приказал воинам Себу не вмешиваться в битву, и, возможно, это обстоятельство стало причиной его гибели. «Магеллан был наделен всеми добродетелями. - вспоминает Пигафегта. - Он выказывал всегда непоколебимую настойчивость среди самых больших бедствий. На море он сам осудил себя на большие лишения, чем остальной экипаж. Сведущий, как никто, в знании морских карт, он владел в совершенстве искусством кораблевождения, и это он доказал своим путешествием вокруг света, на что никто другой не отважился до него...»
Смерть от цинги, гибель от рук туземцев сильно сократили численность участников экспедиции. Поэтому по приказу капитана «Консепсьона» Хуана Себастьяна де Эль-Кано его корабль был сожжен, оставшиеся каравеллы переукомплектованы, а сам Эль-Кано перебрался на «Викторию».
Обе каравеллы под общим командованием Дуарте Барбосы и Хуана Серрано покинули Филиппины и 9 июля прибыли к Брунею на Борнео, а ровно через четыре месяца, 8 ноября, они уже салютовали из всех своих орудий берегам Молуккских островов. Полтора месяца испанцы набивали трюмы гвоздикой, но когда каравеллы были уже готовы пуститься в дальнейший путь, стало ясно, что «Тринидад» нуждается в серьезном ремонте. Время муссонов нельзя было упускать, и испанцы принимают решение: «Тринидад» с шестьюдесятью моряками остается на молуккском острове Тидоре и после ремонта возвращается обратно в Панаму, а «Виктория» плывет дальше.
