В августе — декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. Всего в августе 1941 года по штатам Управления особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек.
Приказом НКВД № 00345 от 18 февраля 1942 года в связи с переходом железнодорожных войск в подчинение НКПС особые отделы в этих войсках были переданы из УОО в Транспортное управление НКВД.
В июне 1942 года штатная численность Управления особых отделов составляла 225 человек.
Главной целью военных контрразведчиков было противодействие немецким спецслужбам. Система мер борьбы с агентами немецкой разведки включала оперативные, заградительные и профилактические мероприятия. Основная роль в контрразведывательной работе особых отделов отводилась агентурно-осведомительному аппарату.
По мнению ветерана «Смерша» генерал-майора С. З. Острякова, «особисты» с первых месяцев войны эффективно боролись с агентурой противника. При этом они ограничивались защитной тактикой — ловили вражеских шпионов и диверсантов, проверяли одиночных выходцев из плена и окружения противника, выявляли трусов и паникеров в воинских частях, помогали командованию наводить строгий порядок в прифронтовой полосе.
Отдельные особые отделы пытались организовать оперативную работу за линией фронта, но носила она в основном военно-разведывательный характер. Поясним, что речь шла о переброске через линию фронта разведывательно-диверсионных групп, которые действовали в прифронтовой зоне. Они занимались сбором сведений о месторасположении различных объектов (штабов, хранилищ горючего, складов и т. п.) и дислокации воинских частей, а также проведением различных диверсионных акций.
Несмотря на трудности, связанные с первыми месяцами войны, особые отделы действовали решительно и эффективно. Один из первых итогов работы военной контрразведки был подведен 10 октября 1941 года заместителем начальника Управления особых отделов Соломоном Мильштейном: «Особыми отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. Из них оперативными заслонами особых отделов задержано 249 969 человек и заградительными отрядами войск НКВД по охране тыла — 407 395 военнослужащих…
Из числа задержанных особыми отделами арестовано 25 878 человек, остальные 632 486 человек сформированы в части и вновь направлены на фронт…
