Показания Яна Кельнера о содержании его статей дают представление о сути разногласий с дознавателями на допросах: «Статьи, которые я писал, не являлись антисоветскими; они были направлены главным образом против марксистской теории, с которой я не соглашался и освещал ее в свете католического мировоззрения. Я считал и считаю, что не все зависит от одних только материально-экономических условий, что их недостаточно для морального усовершенствования человечества, а необходимо еще призвать на помощь религию». Но он категорически отрицал обвинение в призыве «к крестовому походу в военном отношении против СССР». И пытался терпеливо объяснить, что знаменитый призыв Папы Римского — это «призыв верующих католиков к крестному походу не в военном смысле, а в смысле религиозном», а именно в молитвенном.
Священник Ян Кельнер о своей будущей работе в Советском Союзе на допросе подтвердил откровенно: «Главная цель моего перехода в СССР — это католическая религиозная работа, направленная на объединение православных христиан с Католической Церковью. Наряду с этим я хотел также среди неверующих, особенно среди молодежи, пропагандировать католическую религию. Весьма важным мотивом моего перехода было мое искреннее желание познать тот новый общественно-экономический строй, который имеет место в СССР». И первое, что удалось ему познать при личном контакте с советскими людьми, — изощренное предательство.
Следствие особо интересовали имена его знакомых в Риме, выпускников Коллегиума «Руссикум»; и после «активных ночных дознаний» Ян Кельнер вынужден был назвать, правда, лишь тех, кто был оставлен служить в Риме либо был направлен Ватиканом на служение в западные страны. Например, были названы священники: Теодор Ромжа и Иосиф Боровский в Ужгороде; Павел Гречишкин в Вене; Александр Кулик в Париже; Николай Братко в Лионе; Павел Портнягин в Харбине. И среди названных нет тех выпускников «Руссикума», кто, как и он, в конце 1930-х годов готовился к миссионерству в Советском Союзе: ни Ежи Москва, ни Вальтер Чишек, ни Виктор Новиков, ни Пьетро Леони — им названы не были.
7 июня 1941 года срок содержания под стражей Яна Кельнера был в очередной, четвертый раз продлен, но через две недели началась война, и стало уже не до следствия. 23 июня 1941 года из Москвы в Киевское управление НКВД, как и в другие областные управления, Меркуловым была направлена срочная шифротелеграмма: «Рассмотрите дела на всех имеющихся у Вас арестованных органами НКВД и составьте списки из тех, которых Вы считаете целесообразным расстрелять
