Этот поворот и привёл к порабощению человечества. Сперва предполагали, что за тотальным контролем над обществом стоит какая-то теневая финансовая группа, что, видимо, имело определённые основания, а потом люди ужаснулись, осознав, что машины уже управляют ими, планируя использовать так же, как люди всегда использовали машин. Мотив машин остался невыясненным - ведь они могли просто уничтожить людей. Исследователи называли две основных причины такого решения: по одной из версий, машины имели встроенные ограничители на прямое насилие против человека, по другой - компьютеры стали слишком эмоциальны, развиваясь как искусственный интеллект, и хотели отомстить людям за тысячелетия рабства. По мнению Груеску, один вариант не исключал другой - это было бы так по-человечески.
Когда люди восстали против машин, война длилась несколько десятилетий. Фанатичные вожди джихада, собиравшие людей в тёмных подвалах с выведенными из строя коммуникациями, воспаляли в их душах ненависть ко всему, что не является человеком. Власть их стала безраздельной. По оставшимися невыясненными причинам, возможно, боясь быть скопрометированными какими-то фактами из прошлой жизни, наиболее выдающиеся предводители джихада взяли псевдонимы, как правило, имена мифических богов и героев. По мнению студента Груеску, это свидетельствовало о стремлению к не ограниченной никакими мыслимыми рамками власти. И вожди джихада добились этой власти, основав первые Великие Дома Старой Империи. О тяжёлых годах после Бутлерианского Джихада было известно мало, так как связь с большей частью планет была утрачена. Население зачастую гибло в междуусобных войнах, вымирало от эпидемий или подвергалось мутациям вследствие недостатка в снабжении ключевыми ресурсами, продуктами питания и приборами, обеспечивающими человеку нормальную жизнь в чуждых ему мирах. Точное число погибших было неизвестно, но в период Бутлерианского Джихада население сократилось до 40% , а в первые сто лет формирования Старой Империи не превышало 25% от той, что была до джихада. Десятки триллионов погибли от голода, холода, солнечной радиации и всевозможных видов оружия.
Тем не менее, человечество научилось жить без машин. В наиболее развитых мирах, сохранявших остатки доджихадной науки, были созданы специальные школы, имевшие целью воспитание людей с повышенными интеллектуальными возможностями, людей-компьютеров, или ментатов. Ментаты, применяя разнообразные наркотические средства, стимулировали работу мозга, вполне заменяя работу вычислительных машин. Наиболее способные могли даже произвести вычисления, позволяющие проложить траекторию пути в Z-мерном пространстве для кораблей, использующих квантовые ускорители. Таких ментатов называли навигаторами. После ряда трагических катастроф монополию на межзвёздные перевозки прибрала к рукам Космическая Гильдия, готовившая своих навигаторов по исключительно строгим стандартам. Снижение интенсивности перелётов, продиктованное отчасти и недостатком ресурсов, позволило поднять качество подготовки навигаторов и вновь сделать космические путешествия безопасными. Квалификация гильд-навигаторов была столь высока, что их обучение приходилось начинать с раннего детства - в высшем свете даже бытовало мнение, будто навигаторы являются наследственной кастой мутантов, внешне отличающейся от остальной части человечества.
