По ночам на госпитальной койке Михаилу снились боевые товарищи, живые и павшие в боях. Он думал вернуться в свою гвардейскую бригаду, но в госпитале стало известно, что по требованию наркома Военно-Морского Флота Н. Г. Кузнецова, раненые моряки после излечения направляются на действующие флоты.
Перед назначением на корабль Бочкарева отправили на специальные курсы комсостава Военно-Морского Флота. Окончил он их с отличием и получил право выбора флота. Попросился туда, где было труднее всего — в Заполярье, несмотря на то, что к тому моменту он уже был не один. Судьбе было угодно, чтобы в Астрахани, куда были переведены курсы, он совершенно случайно встретил замечательную девушку Антонину. С ней он в Ленинграде, еще будучи курсантом, танцевал на одном из вечеров.
Молодые люди были рады встрече. Каждый чувствовал, что встретил близкого, родного человека. Решили больше не терять друг друга. Многие годы они прожили в любви и согласии, деля пополам и беды, и радости. В начале марта 1943 г., Бочкарев прибыл на Северный флот. В Краснознаменном дивизионе истребителей подводных лодок его определили дублером помощника командира катера — малого охотника (МО) с бортовым номером 111. Как ему было сказано во флотском отделе кадров, — для стажировки по должности, приобретения опыта и изучения театра военных действий. Мог ли тогда Михаил Павлович знать, что на быстроходных небольших кораблях с деревянными корпусами («морских охотниках») ему суждено пройти сквозь огонь войны до самой Победы? Отличавшиеся высокой маневренностью, неплохим вооружением и живучестью, катера-охотники в сложных условиях выполняли разнообразные боевые задачи: вели поиск подводных лодок противника, сопровождали наши и союзные конвои, высаживали десанты, производили минные постановки, отражали налеты вражеских самолетов, несли дозорную службу… Словом, они были настоящими «трудягами войны».
Об участии Михаила Павловича в смертельно опасных походах свидетельствуют архивные документы. В одном из них говорится, что 22 мая 1943 г. группа наших катеров при конвоировании в Мотовском заливе была атакована 28 истребителями Me-109. В течение четырехчасового боя Бочкарев (уже в звании старшего лейтенанта) умело управлял зенитным огнем, в результате чего все атаки вражеских самолетов были отражены. Комендор Дмитрий Чугунов сбил «мессершмитт», который рухнул в море.
Неимоверно трудным оказался поход 21 июля 1943 г. Экипаж вступил в неравный поединок с вражеской авиацией, продемонстрировал образцы выдержки и самоотверженности. «Морской охотник», весь в пробоинах, с обгоревшей надстройкой, возвратился в родную базу своим ходом.
