В результате были опубликованы три монографии, более полусотни статей и, наконец, в 2012 г. в диссовете Института российской истории РАН (Москва) была успешно защищена докторская диссертация на тему «Карелия в годы Второй мировой войны: политические и социально-экономические процессы (1939–1945 гг.)».
Эйнар Петрович Лайдинен в этот период (2004–2011) продолжал активную научную деятельность по изучению истории советских и финских спецслужб. Он стал не просто известным, а уникальным в России специалистом в этой области исторических исследований.
Во-первых, Э. П. Лайдинен с 1979 по 2006 г. проходил службу в органах КГБ СССР — ФСБ РФ и вышел в отставку в звании полковника ФСБ. Иными словами, он знал, что называется изнутри, все тонкости и нюансы разведывательной и контрразведывательной деятельности, о которых писал в своих трудах. Во-вторых, широко использовал уникальные архивные источники из ведомственных архивов РФ и Карелии. По его инициативе в Архиве УФСБ РФ по РК на заседаниях комиссии по рассекречиванию архивных документов были рассмотрены документальные материалы, отражающие деятельность советских спецслужб в 1920–1940-е гг. Многочисленные архивные источники, ранее находившиеся под грифом «Секретно», стали доступны исследователям, и они смогли приступить к изучению прежде закрытых по идеологическим соображениям проблем. В-третьих, Эйнар Петрович прекрасно владел финским языком, что позволяло ему работать в финских архивах и быть знакомым со всеми работами финляндских авторов по истории спецслужб Финляндии и СССР. В своих публикациях он мог показать точку зрения финляндских специалистов, которая зачастую не совпадала с позицией российских исследователей.
С 2006 г. и до ноября 2011 г. Э. П. Лайдинен работал научным сотрудником Международного научно-образовательного центра по истории и культуре Европейского Севера исторического факультета ПетрГУ. За очень короткий во временном отношении период им было сделано очень много в научных исследованиях и публикациях по проблемам советско-финляндских отношений в 1920–1950-е гг. Он — соавтор двух монографий, вышедших в России, одна из которых — «Заложники Зимней войны. Интернированные финны на территории Калевальского района Советской Карелии в период Зимней войны 1939–1940 гг.» была переведена на финский язык и опубликована в Финляндии в 2005 г.
Кроме этих монографий, Э. П. Лайдинен опубликовал более ста научных работ (разделы в коллективных монографиях и энциклопедиях, научные статьи, тезисы докладов, рецензии и др.). Они вышли в свет не только в России, но и в Финляндии и Швеции. Его научные публикации имели широкий отклик в российской и финляндской печати. В своих работах, основанных на широкой документальной основе, Эйнар Петрович критиковал определенные мифы и пропагандистские штампы, которые сложились в исторической науке Финляндии еще в период Второй мировой войны и существуют до сих пор. При этом финляндские коллеги высоко ценили его за объективность и компетентность в изложении проблем советско-финляндских отношений 1920–1950-х гг., прежде всего в сфере разведки. Э. П. Лайдинен неоднократно публиковался в ведущих финляндских исторических журналах и газетах, был членом Военно-исторического общества Финляндии.
