Полтора года и семь черновых вариантов ушло у Линча на то, чтобы создать стотридцатипятистраничный сценарий. Трансформируя «Дюну» в текст, по которому можно снять фильм, он упростил хитросплетения сюжета и приглушил метафорический подтекст. Можно было бы предположить, что, как адепт медитации, Линч разделит интерес Герберта к философии дзен-буддизма, но духовные смыслы книги вместе с геополитическими метафорами, относящимися к холодной войне и борьбе за нефть, в основном затерялись в лавине информации и разъяснений. «Я не углубляюсь в религиозную часть „Дюны“, — говорит Линч в одном интервью того времени. — Она недостаточно ясна для меня в книге. У нас есть ритуалы и церемонии, но это не религиозная картина».
Специалистов по поиску натуры отправили в Сахару, в Австралию и в Индию, но в итоге продюсеры остановились на Мексике; киностудия «Чурубуско» в Мехико располагала вместительными павильонами, которые можно было занять на длительный срок по относительно низкой цене; к тому же она находилась рядом с пустыней и там был готовый набор местных мастеров по дереву и коже. Актерский состав представлял собой сборную солянку, типичную для международного проекта: немецкий актер Юрген Прохнов играл правящего герцога из знатного рода Атрейдесов, британская актриса Франческа Аннис — его наложницу, а в эпизодических ролях появлялись звезды всех видов и мастей, включая Стинга, Макса фон Сюдова, Патрика Стюарта и Сильвану Мангано (жену Дино Де Лаурентиса и мать Раффаэллы). На роль юного мессии, Пола Атрейдеса, был нужен неизвестный актер. После более сотни кинопроб Линч остановил свой выбор на театральном актере без опыта работы в кино, Кайле Маклахлане, похожем на более юную и свежую вариацию самого Линча и одержимом «Дюной».
Линч и Раффаэлла Де Лаурентис, следившая за ходом съемок, провели в Мексике полтора года, подготавливая и затем обрабатывая отснятый материал. Размах «Человека-слона» был шоком для Линча. «Дюна» была левиафаном другого порядка, по масштабу сравнимая с эпопеями былых времен: сорок ролей с текстом, больше тысячи членов съемочной группы и двадцать тысяч человек массовки. Тем не менее на этот раз Линч, прошедший первую проверку Голливудом, меньше тревожился; стресс облегчался эмоциональным подъемом от пребывания в месте, которое Линч назвал «самой большой железной дорогой в мире», перефразируя известное определение Орсона Уэллса студии «РКО». Производство переполнило восемь огромных павильонов в Чурубуско; было создано около восьмидесяти отдельных киноплощадок.
