Он сам поставил перед собой задачу не разрушить Византийскую империю, а возродить ее к новой жизни по османскому образцу, одновременно восстанавливая имперскую славу столицы, которая теперь должна была называться Стамбул. Это название должно было отражать, по словам Пауля Виттека, «истинный образ того, что должно было стать фундаментальной чертой государства: соединение местных культурных традиций старой Византии, пусть уже и с восточными влияниями, с традициями старого ислама».
Это должна была быть империя под светским и религиозным управлением ислама. Но одновременно она должна была оставаться и многонациональной, как византийская, где все народы и все верования будут сосуществовать в порядке и гармонии. После гибели последнего императора церковь и государство больше не были объединены. Христианская церковь была отныне подчинена исламскому государству и обязана платить дань. Но в обмен на это ее община по-прежнему пользовалась свободой вероисповедания, сохраняла свои обряды и обычаи.
Такова была разработанная и введенная во всех мусульманских владениях система, определяющая статус религиозных меньшинств. Они были райя, буквально «ученики», организованные в миллеты, или народности, самоуправляемые общины, имеющие свои законы и обычаи во главе с религиозным наставником, ответственным перед центральной властью за управление и хорошее поведение его людей. Прецеденты для подобной системы в форме разнообразных патриархий восточных христиан были знакомы и по опыту бывших империй Арабского халифата и самой Османской империи, где православный патриарх Константинополя долгое время нес ответственность за общины — в Азии или в Европе, — жившие под управлением мусульман. Теперь это должно было стать общим правилом для всех христианских общин бывшей Византийской империи. Являясь покоренным народом, они не имели больших привилегий и максимальных политических свобод. Но даже при наличии некоторых ограничений одна только перспектива наслаждаться всеми преимуществами мира и процветания дорогого стоила, а возможности заниматься коммерческой деятельностью даже увеличились. Для этого Мехмед потребовал, чтобы бок о бок с представителями улемы, исламской духовной власти, в стенах Стамбула имелись резиденции патриарха греческой ортодоксальной церкви, армянского патриарха и главного иудейского раввина.
Завоеватель показал себя человеком, достаточно хорошо расположенным к греческому населению города. Именно греки представляли собой самую большую, самую богатую и наиболее культурную немусульманскую общину. Он отчетливо видел, что они могут стать ценным приобретением для его империи, поскольку имели способности к промышленности, торговле и морскому делу, которых не хватало туркам. Более того, он с большим уважением относился к накопленным греками знаниям. Мехмед основательно занимался изучением греческой истории. Возможно, даже в его венах текла греческая кровь — по материнской линии. Он проявлял особое уважение и заботу о своей мачехе, вдове Мурада, наполовину сербке, наполовину гречанке, госпоже Маре, которую после смерти мужа рассматривали в качестве возможной невесты императора Константина.
