Итак, 29 сентября заявка на сценарий принимается, а десять дней спустя с Кеосаяном и Ермолинским подписывают договор на написание сценария будущего фильма. Главным в этом тандеме был Ермолинский, профессиональный сценарист. Поэтому согласно договору за написание сценария именно Ермолинский должен был получить 6 тысяч рублей авторского гонорара.
Уже в начале октября Ермолинский плотно засел за работу. Первым делом он отправился в Библиотеку имени Ленина, где набрал целую кипу книг по истории махновского движения. Причем, поскольку все эти книги проходили по разряду запрещенной литературы и хранились в спецхране, ему пришлось добиваться разрешения на их выдачу через руководство "Мосфильма". Среди книг, к которым сценарист получил доступ, были: "Под властью анархистов" М. Гутмана (год издания - 1919), "На Украине. Повстанческое и анархическое движение" (Буйнос-Айрес, 1922), "Махновщина" М. Кубанина (1925), "Революция на Украине. По мемуарам белых" (1930) и еще четыре другие книги на эту же тему.
К началу 1965 года сценарий фильма был уже готов. По сюжету он несколько отличался от повести П. Бляхина. Как мы помним, у того действовало трое юных героев: брат, сестра и китайчонок (в киноверсии Перестиани китайца заменили на негра), а у Ермолинского и Кеосаяна их было уже четверо: Мишка Недоля, его сестра, сын питерского рабочего Валерка и цыганенок Яшка. Последний появился в сценарии при следующих обстоятельствах. Если бы авторы новой версии оставили негра, то они рисковали придать фильму некий политический подтекст (в те годы в Советском Союзе шла очередная кампания в поддержку порабощенных народов Африки). С китайчонком тоже нельзя было связываться, но уже по иной причине: с Китаем мы в те годы "не дружили". А цыган подходил по всем статьям: во-первых, аполитично, во-вторых - романтично. Кстати, в первом варианте сценария Яшка в конце погибал.
Главная завязка сюжета осталась такой же: у Мишки и его сестры махновцы убивают отца и они вместе с друзьями пробираются к Буденному, чтобы влиться в его войско и отомстить за смерть родителя. Кстати, у Валерки отец тоже погиб на фронте и чувство справедливой мести переполняло его не меньше, чем брата с сестрой Недолю. Кроме этого, сын рабочего был самым образованным в "четверке": помешанный на книжках про индейцев, он махновцев называл "бледнолицыми собаками", а своего друга Мишку именовал Неустрашимым Следопытом.
10 февраля 1965 года художественный совет объединения "Юность" обсудил сценарий "Знак четырех". Обсуждение началось с выступления патриарха советского сказочного кино режиссера Александра Птушко, который весьма критично высказался о сценарии. Приведу лишь несколько отрывков из его выступления:
