Филипп IV использовал свои прерогативы сюзерена и вмешался в борьбу графа Фландрии с верхушкой (так называемым патрициатом) фландрских городов. Фландрия уже давно считалась «страной городов». Брюгге, Гент, Ипр были крупнейшими центрами экспортного ремесла. Сюда постепенно перемещалась европейская торговля, тогда как шампанские ярмарки клонились к упадку. Это косвенно могло быть следствием присоединения Шампани к королевскому домену, сопровождавшегося стремительным ростом налогообложения. Чтобы сохранить свой контроль над городами, граф Фландрии пытался ослабить патрициат, опираясь на ремесленные цехи. Борьба за власть сопровождалась кровопролитиями, и патрициат обратился с жалобой к королю на его вассала — графа Фландрии.
Быстро сломив сопротивление графа, Филипп IV разместил во Фландрии свои гарнизоны, и население сразу же почувствовало тяжелую руку Железного короля. К финансовому гнету примешивался гнет социальный (поскольку вся полнота власти вернулась к патрициату) и этнический (поскольку основное население графства говорило на фламандском языке). Однажды ночью ремесленники Брюгге вырезали весь французский гарнизон и семьи местного патрициата. «Брюггская заутреня» стала началом всеобщего восстания во Фландрии 1302 г. Карательная армия, направленная королем, неожиданно потерпела поражение в битве при Куртре. Вся Европа была поражена тем, что ополчению ремесленников и крестьян удалось разбить французскую рыцарскую конницу, считавшуюся непобедимой. Трофейные шпоры французских рыцарей были вывешены в городском соборе Куртре, поэтому сражение получило название «Битва шпор». В дальнейшем, в ходе долгих войн, королю удалось вернуть контроль над мятежным графством. Но власть его здесь никогда не была прочной.
Конфликт между королем и папой. Распространяя свои судебные и налоговые прерогативы, Филипп IV не мог не вступить в конфликт с церковью. Бонифаций VIII, в свою очередь, стремился приумножить традиции папской теократии. В 1296 г. папа запретил светской власти взимать поборы с духовенства. Король ответил на это запретом на вывоз из Франции драгоценных металлов, отрезав папскую казну от платежей французского духовенства. Конфликт нарастал. Стороны обменивались все более жесткими взаимными обвинениями. Королевские легисты обвинили Бонифация VIII в тяжких преступлениях. В ответ папа стал готовить отлучение Филиппа Красивого от церкви. Это грозное оружие уже не раз заставляло склонять голову самых сильных монархов Западной Европы. Ситуация была очень тревожной для короля. В условиях неудач во Фландрии и нарастания недовольства королевской политикой внутри страны он рисковал утратить все рычаги власти. Опережая события, в 1302 г. Филипп IV впервые созывает так называемые Генеральные штаты — сословное собрание представителей от духовенства, дворянства и «добрых городов». Несмотря на претензии к королю, депутаты, особенно горожане, поддержали его в борьбе с папой.
