Первым руководителем Экспедиция секретных дел стал доверенный сотрудник Военного министра флигель-адъютант полковник Алексей Васильевич Воейков[16] (с 28 августа 1810 г.). Свою карьеру после окончания с отличием Московского университетского пансиона он начинал ординарцем у А.В. Суворова. Затем был адъютантом у ряда русских генералов, а в 1809 г. в Финляндии был отмечен М.Б. Барклаем-де-Толли за проявленную храбрость в боях со шведами (особенно во время перехода через залив Кварксн) и уже сложившиеся навыки штабной работы. Собственно, дальнейший рост и перевод в Военное министерство были обусловлены возвышением Барклая и его личной благосклонностью к своему адъютанту. Воейков сумел проявить именно те качества, которые особенно ценил военный министр, в силу этого и был назначен правителем Экспедиции секретных дел.
27 января 1812 г. была введена новая организация Военного министерства (Приложение № 2). Согласно новой структуре в составе Военного министерства помимо семи департаментов были созданы «особенные установления» в числе Военного ученого комитета, Военного топографического бюро, Типографии и Особенной канцелярии при военном министре (Полное собрание сочинений Российской империи с 1649 г. (далее: ПСЗРИ). Собр. 1. Т. 32. № 24971. СПб., 1830). В части последнего органа было отмечено следующее: «Состав и предметы Особенной канцелярии, собственно при Военном Министре полагаемой, определены правилами, особо для оной утвержденными». Особенная канцелярия (бывшая Экспедиция секретных дел при Военном министерстве) отвечала за сбор за рубежом разведывательной информации, ее анализ, обобщение и доклад военному министру, а также за выработку инструкций для направляемых за границу разведчиков. Вне Военного министерства оказалась Свита Е.И.В. по квартирмейстерской части. Штат Особенной канцелярии был немногочисленен: директор, три экспедитора и один переводчик. Для сравнения укажем, что штат Особенной канцелярии Министерства полиции состоял в то время из 14 человек, не считая чиновников для особых поручений. Особенная канцелярия занималась «всеми вопросами, которые с точки зрения военного министра были особо секретными, т. е. проведением разведки, обобщением и анализом поступающей разведывательной информации, выработкой рекомендаций для составления военных планов и осуществлением секретных подготовительных мероприятий, в частности передислокацией воинских частей на границе»
