Бюджетные средства в сумме более 24 млн рублей, перечисленные фонду и перенаправленные в «дочку» — ООО «ТФК “Сколково”», вкладывались в улучшение имущества третьих лиц, аффилированных с руководителем финансового департамента фонда Кирилла Луговцева. За 2011 год «Сколково» было перечислено ООО «ТФК “Сколково”» 125 млн рублей, из которых фактически израсходовано 65 млн рублей, в основном на ее содержание. При этом деятельность, для осуществления которой создана компания (возмещение таможенных платежей участникам проекта и оказание им услуг таможенного представителя), в 2011 году не осуществлялась. ООО «ТФК “Сколково”» заключило договор аренды помещения площадью 167 кв. м с ООО «Ника» (фирма, аффилированная с руководителем финансового департамента фонда Луговцевым), расходы по которому составили 20,8 млн рублей. Кроме того, между ООО «ТФК “Сколково”» и ООО «Бау Форвард» был заключен договор подряда на выполнение ремонтно-строительных работ офисных помещений, арендуемых ООО «ТФК “Сколково”» у ООО «Ника» на сумму 3,8 млн рублей. Также были нарушения в виде отсутствия до 10 августа 2012 года реестра договоров, заключенных фондом, отсутствия в большинстве структурных подразделений утвержденных положений о них, нет штатного расписания и приказа о его утверждении, а также коллективного договора, должностных инструкций работников фонда, соглашения или единого локального нормативного акта, устанавливающего систему оплаты труда работников. Средняя зарплата к 500 тысячам рублей почти в 14 раз выше средней по России. Но от этого посредственности и проходимцы талантливыми учеными не делаются. На зарплаты сотрудников «Сколково» ушло почти в 2 раза больше бюджетных денег, чем на все гранты для поддержки проектов. Этих вопиющих фактыхов в медведевской вотчине ни Минобрнауки, ни Минфин почему-то «не замечают».
При этом фондом были заключены договоры возмездного оказания услуг с консалтинговой компаний — ЗАО «РЕ-Финанс» («Ренова-Финанс» — «дочка» компании «Ренова», принадлежащая Вексельбергу) — о постановке и ведении бухгалтерского учета, оказании услуг по управлению кадрами фонда, а также о формировании регистров и ведении управленческого учета и отчетности фонда. На аналогичных условиях были заключены договоры между дочерними обществами фонда и ЗАО «РЕ-Финанс». Общая сумма денежных средств, выплаченных по указанным договорам, составила более 138 млн. Фонд «Сколково» создан для обеспечения свободы творчества и поддержки творческих инициатив. По факту получилась контора для своих, свидетельствует В. А. Рубанов, являющийся, помимо всего прочего, членом экспертной коллегии этого фонда. «Опять как всегда: не вспомогательные структуры для науки, а наука как обоснование для кормления распорядителей бюджетных денег. По факту выходит, что главный в научных разработках в России — опять чиновник, хоть и на зарплате в “Сколково”».
