Хайдеггер также считал что сциентизм – представление о том, что лишь наука способна дать нам адекватное и фундаментальное представление о мире и объяснение любого явления – вреден для метафизики, причем Хайдеггер заходит в своем неприятии науки даже дальше, чем Витгенштейн. Он утверждает, что наука сама по себе не является важным инструментом, помогающим установить и сохранить важные истины. Один из самых известных афоризмов Хайдеггера: «Наука не мыслит». По-видимому, он имеет в виду, что наука не занимается фундаментальными онтологическими вопросами. Наука ограничивается частной онтологией, то есть изучает те же самые области и, может быть, даже объекты, но под другим углом, ставя другие вопросы, которые и относятся к частной онтологии. Так, биология исследует объекты, определенным образом связанные с понятием жизни (лат. bios), а филология основана на определенном понимании языка, исходя из которого трактуются объекты ее изучения (тексты). Объекты исследования распадаются на области, изучаемые отдельными науками (природа, язык, общество и т. д.). Когда все науки обзаводятся своими областями исследования, для философии не остается ничего. Это отсутствие собственной области означает, что философия не может быть наукой, поскольку всякая наука позитивна, то есть основана на эмпирических данных. Научные дисциплины занимаются исследованиями исключительно в своей области действительности, тогда как философия изучает природу самих этих областей, и философское исследование требует осмысления их бытия. В любой науке имеется понятие бытия, но ни одна наука не может ответить на вопрос о смысле бытия, поскольку этот вопрос относится к области фундаментальной онтологии. В отличие от философии, научные дисциплины не подвергают сомнению свое основание, а именно, лежащее в основе всех теорий понимание бытия, которым обусловлено отношение к объектам исследования. Науки лишены саморефлексии. Историческая наука не может ответить на вопрос, что такое история, математика не может рассказать, что такое математика, а физика – что такое физика. Особенно очевидно это в последнем случае: физика не может ответить на вопрос, что такое движение, а может лишь изучать характеристики разных его видов.
Хайдеггер признает, что философия имеет явное преимущество перед науками в том смысле, что науки основаны на философии, но не наоборот. Частная онтология всегда требует обоснования, которого не может предоставить сама. Частные онтологии основаны на общей, фундаментальной онтологии. Науки исследуют объекты, сущее: они рассказывают нам, чем является это сущее, а чем не является, но само по себе сущее они принимают как данность и просто описывают его свойства. Философию отличает от научных дисциплин именно то, что философия
