Для выбора маршрута движения в Мегиддо был созван военный совет. Через Кармельский хребет имелось три дороги: средняя представляла собой тропу, но это был кратчайший путь; вправо и влево от нее шли широкие дороги, которые выходили - одна к юго-восточной, другая - к северо-западной окраинам Мегиддо. Военачальники египетского войска возражали против использования тропы, заявляя: "Разве лошадь не будет идти за лошадью, а также и человек за человекам? Не должен ли будет наш авангард сражаться в то время, как наш арьергард еще будет стоять в Аруне?" Но Тутмос приказал идти прямым путем и лично стал во главе колонны, заявив, что пойдет "сам во главе своей армии, указывая путь собственными своими шагами".
13 мая голова колонны египетского войска достигла Аруна - пункта, расположенного на горном хребте. 14 мая египтяне двинулись дальше, сбили передовые части противника и вышли в долину Ездраелон, где могли развернуться для боя. Противник держал себя пассивно, а Тутмос, по совету своих военачальников, приказал не вступать в бой до полного сосредоточения египетского войска. Можно предполагать, что главные силы антиегипетской коалиции находились в районе Таанах, преграждая наиболее удобный подступ к Мегиддо. Форсирование горного хребта египтянами по тропе для них оказалось неожиданным, и поэтому была упущена возможность уничтожения египетского войска по частям.
Выйдя к Мегиддо, Тутмос приказал разбить лагерь на берегу ручья Кины и готовиться к бою, который он решил дать на следующий день, т. е. 15 мая. В ночь на 15 мая он улучшил группировку своего войска, продвинув его левое крыло к дороге на Зефти, и перерезал этим противнику путь отступления на север.
Утром 15 мая египетское войско построилось для боя, Боевой порядок его состоял из трех частей: центр находился на левом берегу ручья Кины; правое крыло - на высоте, расположенной на правом берегу того же ручья; левое крыло - на высотах северо-западнее Мегиддо. Противник развернул свои силы на подступах к Мегиддо, юго-западнее города.
Тутмос на боевой колеснице стал в центре и первый бросился на врага. "Фараон сам вел свою армию, мощный во главе ее, подобный языку пламени, фараон, работающий своим мечом. Он двинулся вперед, ни с кем несравнимый, убивая варваров". Египетское войско атаковало противника и затем обратило его в бегство. Египтяне могли бы ворваться в город, если бы энергично преследовали бегущего врага. Но победоносное войско было занято грабежом захваченного богатого лагеря и дележом добычи. В это время ворота города были заперты, царей Кадеша, Мегиддо, их союзников, а также отдельных воинов, спасшихся бегством, гарнизон крепости и жители города втащили на крепостную стену.
