Если на юге страны обстановка стабилизировалась, то на севере все еще было неспокойно: в Вологодском, Каргопольском и Белозерском уездах отряды из местных жителей под командой атамана Баловня грабили и выжигали целые деревни. Михаил стремился погасить этот военный очаг мирным путем. 1 сентября по его инициативе в Ярославль была направлена делегация для переговоров с бунтарями. Она уведомила их, что царь не хочет воевать со своими подданными и готов простить им все «вины», если они оставят разбои и вместе с воеводой Л. Вельяминовым за хорошее вознаграждение примут участие в походе на Тихвин против шведов. Но далеко не все они «отстали от воровства». Против отрядов Баловня, которые сначала осадили Вологду, а потом подошли к Москве, летом 1615 года были брошены царские войска. Они разгромили их сначала у стен столицы, а потом под Малоярославцем. Но окончательной стабилизации обстановки в стране поспособствовали повсеместное определение вольных казаков на царскую службу с указанием формы оплаты и указ о переводе в вотчины поместий участников обороны Москвы, среди которых было немало представителей казачества. В результате к 1620 году в центральных районах России уже фактически не осталось вольных казаков.
Что касается экономического развития страны, то первейшая задача Михаила состояла в организации сбора средств для разграбленной царской казны. Поскольку во время бурных событий Смутного времени архивы приказов были уничтожены, новое правительство не знало ни источника своих доходов, ни того, сколько и на что следовало выделять денег. В первую очередь, необходимо было восстановить прежний порядок сбора податей и налогов. Но на это требовалось немало времени, а деньги нужны были сейчас. И тогда царь обратился за помощью к богатым промышленникам и купцам. В частности, он попросил купцов и заводчиков Строгановых выплатить налоги за все Смутное время, а также дать денег взаймы «для крестьянского покою и тишины», пообещав вернуть долг «как деньги в казне будут». И те не пожалели средств для спасения государства: дали и денег, и продуктов, и всяких других товаров для материального обеспечения ратных людей. Откликнулись на призыв Михаила и другие богатеи.
С такой же просьбой о добровольном пожертвовании и ссуде обратилось царское правительство и к народу. А в 1614 году был назначен так называемый сбор «пятой деньги», т. е. долевого налога. Сначала его ввели только для торговых людей, а потом и для всех остальных. Кроме того, были введены два новых больших налога и новые повинности: так называемые «стрелецкие деньги» (хлебные запасы ратным людям), сбор даточных людей на службу и общий оклад с городов, который должны были собирать воеводы. Катастрофическое финансовое положение вынудило царское правительство с 1613 по 1619 год семь раз прибегать к чрезвычайным сборам так называемых «пятинных и запросных денег».
