После смерти де Гуайта в 1897 г. (одни говорят, что в результате действия злых чар, другие – вследствие передозировки наркотика), Папюс стал руководителем Ордена.
В 1891 г. Папюс на базе двух масонских лож основал Орден мартинистов в память о мистическом философе Луи Клоде де Сен-Мартене (1743–1803 гг.), писавшим под псевдонимом «неизвестный философ». Папюс утверждал, что нашел рукописи его учителя Паскуаля. Задача Ордена состояла в том, чтобы стать первичным центром для распространения идей мартинизма, и его деятельность продолжается по сегодняшний день.
Несмотря на активную деятельность в оккультных кругах, врач Энкосс находил время для лечения больных, он получил степень доктора медицины и в 1894 году защитил диссертацию по «филисофской анатомии», затем открыл собственную клинику на Рю Роден, которая пользовалась чрезвычайной популярностью в народе.
Папюс трижды посетил Россию, в 1901, 1905 и 1906 гг., встречался с царем Николаем II и царицей Александрой и консультировал их как врач и оккультист. В октябре 1905 г., он (как предполагают) вызывал дух Александра III, отца царя Николая, который пророчил сыну гибель от рук революционеров. Папюс был весьма обеспокоен инсинуациями, творившимися вокруг российских коронованных особ и неоднократно предупреждал их о враждебной деятельности Распутина. Предполагают также, что Папюс гарантировал царю магическую защиту его жизни и трона вплоть до самой своей смерти и еще 140 дней после нее (так и случилось, на 141-й день Николай был отстранен от власти).
Когда вспыхнула Первая мировая война, доктор Папюс как патриот своей страны добровольно пошел в дейсвующую армию и присоединился к французскому армейскому медицинскому корпусу. При работе в военной больнице, он заболел туберкулезом, был комиссован и умер 25 октября 1916, в возрасте 51 года. Скончался он в парижском госпитале Милосердия, где столько лет лечил людей.
Его работы были отредактированы его сыном Филиппом Энкоссом и по сей день остаются программными трудами по оккультной философии.
Всего у Папюса было опубликовано свыше 160 работ, из которых на русском языке выходили только пять в переводах А.В. Трояновского. Все это были дореволюционные издания, в 90-х годах в послеперестроечную эпоху они стали выпускаться вновь – под разными названиями, но с той же дореволюционной лексикой, частенько с «ятями» и совершенно без учета того, как изменился мир за истекшие 90 лет.
В нашем издательстве впервые на русском языке выходит программный труд д-ра Папюса «Цыганское таро для посвященных» и до сих пор не публиковавшаяся в нашей стране его же «Астрология для посвященных». Философский трактат «Цыганское таро» до сих пор был известен русскому читателю лишь по многочисленным ссылкам на него популярных авторов эзотерических книг, да редким цитатам.
