Благодаря прекрасно усвоенной философии Эпиктета Стокдейл даже в тюрьме с больной ногой не терял присутствия духа. Он создал тайную организацию среди заключенных, стал их командиром и делал все возможное, чтобы помочь своим товарищам выйти из испытаний несломленными. Он давал им советы, как переносить пытки и какую информацию можно сообщать врагу, а какую нет. Стокдейл понимал, что если заключенные будут строго соблюдать приказ, разрешавший сообщать в плену только свое имя, звание, номер и дату рождения, то большинство из них просто погибнет под пытками. Тогда он разработал альтернативные правила поведения на допросах. Поведенческий кодекс его тайной организации запрещал появляться с понурой головой на людях и признаваться в любых преступлениях, чтобы пресечь попытки вьетнамцев использовать пленных в пропагандистских целях. Кстати, многие солдаты использовали съемку в пропагандистских фильмах, чтобы пошутить над своими мучителями, что, конечно же, не оставалось безнаказанным. Так, когда у друга Стокдейла Нелса Таннера потребовали назвать имена американских пилотов, которые не захотели участвовать во Вьетнамской войне и ушли со службы, он назвал Кларка Кента (Супермена) и Бена Кэйси (мужественного хирурга из одноименного сериала начала 1960-х годов). Последствия этой шутки были суровыми: Таннера три дня подряд подвергали веревочной пытке, а потом еще 123 дня продержали в карцере закованным в кандалы.
В конце концов вьетнамцы догадались о существовании подпольной организации в «Ханой-Хилтоне» и перевели Стокдейла и с десяток других военнопленных в одиночные камеры, где они провели от трех с половиной до четырех с лишним лет. После освобождения из плена один из товарищей Стокдейла, Хоуи Рутледж, поступил в магистратуру и начал работу над диссертацией о том, что с большей вероятностью может сломить дух человека — пытки или одиночное заключение. Чтобы собрать информацию для исследования, Рутледж разослал анкеты своим товарищам по несчастью и другим людям, побывавшим в плену. Результаты заставляют задуматься: люди, которые провели в одиночном заточении меньше двух лет, признались, что главные страдания им приносили пытки; а те, кто просидел в одиночных камерах больше двух лет, ответили, что изоляция была хуже любых пыток. Дело в том, что человек не может долго существовать в одиночестве и, изголодавшись по общению, готов пойти на все. Стокдейл интерпретировал открытие Рутледжа в свете учения Эпиктета, сделав вывод, что человека может сломить не физическая боль, а стыд. Эпиктет утверждал, что в суровых жизненных обстоятельствах его учение дает «неподверженность страстям, свободу, невозмутимость»
