Однако жизнь взаперти под неотступной угрозой смерти серьезно подорвала его здоровье. Сказывалось и злоупотребление алкоголем. Современники писали, что Бёттгер редкий день оставался трезв. Зрение его ослабело, почти наверняка из-за экспериментов с зажигательными стеклами Чирнгауза. Губительнее всего было воздействие на легкие ядовитых паров мышьяка и ртути, которые часто использовались в алхимических опытах. Доктор Бартоломей лечил Бёттгера всеми возможными средствами, но безрезультатно. К началу 1714 года болезнь обострилась. Ее симптомами стали эпилептические припадки, горячка и периоды глубокой тоски, близкой к умопомешательству.
Король, узнав о тяжелом состоянии Бёттгера, наконец смилостивился. 19 апреля 1714 года, после двенадцати с половиной лет заточения, тридцатидвухлетний Бёттгер получил свободу с условием, что до конца жизни не покинет Саксонию и будет продолжать поиски философского камня. Недуг стал для ученого куда более суровой темницей, чем та, в которой столько лет держал его Август. Услышав о своем освобождении, Бёттгер рассмеялся безумным смехом.
Его повседневная жизнь с обретением свободы изменилась мало, зато, когда болезнь немного отступала, он мог пользоваться теми радостями, которых был прежде лишен. Его отчим, Тиман, скончался в 1713 году, теперь Бёттгер получил возможность выписать к себе мать, младшую сестру и сводного брата. Он познакомил сестру со своим другом Штейнбрюком, и в 1716 году они поженились.
В неволе, под неусыпным надзором, Бёттгер вынужден был вести практически монашескую жизнь, что усугубляло его терзания. В одной из его ранних биографий говорится, что под конец жизни он, на манер аристократов, завел себе кучу любовниц; впрочем, документально это не подтверждено. Есть свидетельства, что он на протяжении нескольких лет был близок со своей экономкой, Кристиной Элизабет Клюнгер, хотя большого счастья ему эта связь не принесла. Штейнбрюк пишет, что Бёттгер сильно от нее зависел, и она этим частенько пользовалась. Правда, женить его на себе ей, несмотря на все усилия, так и не удалось.
Долгожданное освобождение не избавило Бёттгера от тревог о будущем фабрики. Невзирая на убедительные доводы, выдвинутые им тремя годами раньше, изменения к лучшему оказались такими же недолговечными, как чувства короля к своим любовницам. Казначейство вынудило поиздержавшегося Августа занять деньги на мануфактуру у частных банкиров. Когда пришел срок возвращать долги, король решил расплатиться не золотом, как было условлено, а фарфором. Каким бы престижным ни считалось «белое золото», выпускаемое под эгидой короля, практичные дрезденские банкиры сочли себя обманутыми и приостановили дальнейшее финансирование до тех пор, пока решение не будет пересмотрено.
