Главой академии был назначен М. Н. Покровский (1868–1932) — большевик, близкий к Ленину, именовавший себя историком и занимавший пост в правительстве: он был заместителем наркома просвещения РСФСР. Он долгое время (в 1906–1917 годах) жил в эмиграции, примкнул к большевикам задолго до 1917 года и после захвата большевиками власти был назначен на видные административные посты.
Помимо контроля за распределением финансов на науку через Соцакадемию, Покровский постарался взять в свои руки и контроль за направлением научных исследований в стране. С этой целью он провел через советское правительство решение о передаче функций контроля за научными исследованиями, ведущимися в стране, специально созданному по решению ВЦИК в начале 1919 года Государственному Ученому Совету под его руководством.
Свою главную задачу как историка Покровский видел в том, чтобы писать учебники для школ (20) и вузов (для них он издал курс лекций под названием "Борьба классов и русская историческая литература", 1924), его перу принадлежала также пятитомная "Русская история с древнейших времен" (издана в 1910–1915 годах). Известный историк А. А. Кизеветтер, член-корреспондент Российской АН, высланный в сентябре 1922 года из страны и исключенный из членов АН, так характеризовал труды по истории Покровского: "Он поддался искушению превратить науку в служанку партийной политики" (21). Именно Покровский в должности заместителя наркома образования стал внедрять в университеты и другие вузы преподавателей-большевиков и замещать ими тех, кто якобы не соответствовал критериям новых властителей. Эта большевизация среднего образования и высшей школы привела к резкому понижению уровня преподавания и научных исследований в стране. По сфабрикованным доносам многие из лучших преподавателей были не только удалены из сферы образования, но и подверглись административным и уголовным преследованиям (кроме этого большое число выдающихся российских ученых, академиков Петербургской Академии наук, умерло от голода в Петрограде, Москве и Казани в первые три-четыре года после революции).
Непримиримо антагонистическое отношение Ленина к интеллектуалам не могло не вызывать ответную негативную реакцию со стороны видных ученых, писателей и педагогов. Ленин в ответ не пытался пойти навстречу требованиям интеллектуалов, а напротив, повторял, что "эту публику", как он предпочитал выражаться, нужно держать на голодном пайке и постоянно призывал органы госбезопасности не спускать с нее глаз, пресекать её "вражескую" деятельность. Такое отношение вызывало не просто удивление в слоях образованных людей. Ведь именно интеллектуалы десятилетиями призывали к отмене царского правления, именно в образованных слоях общества распространялись работы Маркса и его сподвижников, ширилась притягательность идеалов коммунизма. И вдруг руководители ленинской партии, клявшиеся на словах в краеугольной важности для них взглядов Маркса и коммунистического мировоззрения, на практике начали настоящую травлю интеллигенции, образованных людей.
