Вольтер продолжал непрерывные нападки на Нидхема и в последние годы жизни, о чем можно судить по его последней книге «Диалоги Эвгемера», опубликованной в 1777 г. В следующем году Вольтер умер в Париже, куда приехал, чтобы увидеть на сцене трагедию Сэмуэла Джонсона «Ирена». Это был первый приезд Вольтера в Париж после дела де ла Барра. Здесь он написал свои последние слова: «Я умираю с благоговением перед Богом, любовью к друзьям, отсутствием ненависти к врагам и отвращением к суеверию». Церковные власти в Париже отказали Вольтеру в похоронах по христианскому обряду, но еще до того, как это решение было принято, поклонники тайно переправили его тело в Шампань, чтобы похоронить в аббатстве недалеко от Сире, где он жил с Эмили дю Шатле.
К моменту смерти Вольтера Нидхем стал президентом Императорской академии Австрийских Нидерландов (территория современной Бельгии). Он был назначен на этот пост последним правителем когда-то великой Священной Римской империи из рода Габсбургов – императрицей Марией Терезией, которая назначила Спалланцани ректором одного из итальянских университетов. Нидхем так никогда и не смог полностью опровергнуть критику Вольтера. Он посвятил этому много времени и вяло пытался объяснить, что не был ни ирландцем, ни иезуитом. Он даже пытался отвечать на обвинения Вольтера сатирическими стихами и написал плохо замаскированную пародию на Вольтера, который «вводит в заблуждение наш разум по приказу своего сердца», но не преуспел в писательстве, в котором так блистал Вольтер. И все же эти сатирические стихи были опубликованы в приложении к изданной Нидхемом книге.
Последние опыты Нидхема были посвящены теме чудес. Среди католиков бытовало мнение, что колокольный звон может защитить от удара молнии. Французские философы, напротив, подсчитали, что среди людей, ежегодно погибавших от удара молнии, крайне велика доля звонарей. Нидхем утверждал, что церковные колокола чудесным образом все же обеспечивают некоторую степень защиты. Результаты его экспериментов не получили широкой огласки, а те, кто услышали о них, сочли их простым чудачеством.
В 1781 г., за два года до смерти, Нидхем написал письмо одному благожелательно настроенному французскому философу. Он почти оправдывался, объясняя причины, подтолкнувшие его к исследованию спонтанного зарождения жизни. По его мнению, идея «преформирования» и существование «зародышей» так и не обрели реального научного подтверждения. Однако для него было совершенно очевидно, что в будущем натурфилософия найдет ответ на вопрос о происхождении жизни. Эксперименты Нидхема были попыткой заполнить вакуум, образовавшийся после доказательства ошибочности идеи о «преформировании зародышей». Ему казалось, что он примирил механистический мир Ньютона с идеей Бога-Творца.
