Встав на защиту микробной теории заболеваний, Тиндаль поссорился с Бастианом. Вскоре оба направили редактору Times целую серию писем по поводу микробной теории и спонтанного зарождения, и эти письма были напечатаны. Тиндаль воспринимал эту переписку как битву между профессиональными учеными и «шарлатанами» от медицины. Бастиан встал на сторону врачей, защищая их от вмешательства ученых других специальностей, не разбиравшихся в медицинских вопросах. Так началось падение репутации Бастиана в глазах членов Икс-Клуба. Хаксли пришел в ужас от того, что дискуссия между Тинадлем и Бастианом отразилась на страницах Times. Он хотел, чтобы ученые единым фронтом продвигали эволюционную теорию в британском обществе, и чувствовал опасность обнародования ссоры между учеными, которых считал союзниками, учитывая, что Times была самой популярной английской газетой. Кроме того, Бастиан нарушил важнейшее, по мнению Хаксли, правило, согласно которому ученые должны проявлять уважение к более опытным и образованным коллегам.
Вообще говоря, Бастиан начал испытывать терпение Хаксли еще до конфликта с Тиндалем. Когда Бастиан только вступил на научное поприще, Хаксли взял молодого человека под свою опеку. Он увидел в нем одаренного ученого, которого можно было привлечь на сторону членов Икс-Клуба. Он лично несколько раз наблюдал за тем, как Бастиан выполняет эксперименты, чтобы убедиться в обоснованности его выводов, и забеспокоился, когда в одной из пробирок Бастиана, которые были запаяны и, казалось бы, стерильны, появились следы мха. Мох – слишком сложный организм, который не может возникнуть спонтанным образом, но Бастиан никак не комментировал этот результат, поэтому Хаксли не был уверен в чистоте последующих экспериментов Бастиана. Он советовал Бастиану немного подождать с публикацией трудов в виде отдельной книги. К такому непростому вопросу, как вопрос о происхождении жизни, следовало подходить с осторожностью.
Самому Хаксли этот урок тоже дался нелегко. В 1868 г. он занимался изучением образца ила со дна Атлантического океана и обнаружил на его поверхности интересную органическую слизь. Она не была похожа ни на один известный организм и, казалось, самопроизвольно возникла на поверхности стерильного образца. Хаксли подумал, что это могло быть недостающее звено между живой и неживой материей. Он назвал организм Bathybius haeckelii в честь немецкого философа и эволюциониста Эрнста Геккеля, который считал, что жизнь началась с «первобытной слизи» (Urschleim, по определению немецкого натуралиста Лоренца Окена). В книге «Естественная история мироздания» именно слизь Окена Геккель называл первой ступенькой эволюционной лестницы. Однако другие ученые не согласились с Хаксли, посчитав, что Bathybius – обыкновенный грибок. Хаксли почувствовал себя в шкуре Эндрю Кросса. Когда в конечном итоге было показано, что Bathybius представляет собой просто осадок сульфата кальция, выпавший из морской воды под действием спирта в процессе обработки образца, Хаксли быстро «перестал волноваться», написал открытое письмо в журнал Nature и признал свою ошибку перед Британской ассоциацией содействия развитию науки.
