19 января 1991 года, когда в Риге строили баррикады, опасаясь, что в республику, как в соседнюю Литву, введут войска, кто-то всё-таки решился обстрелять омоновский автомобиль в районе МВД Латвии. После короткого боя ОМОН без потерь и малым составом взял здание МВД штурмом. Во время перестрелки погибли пять человек: два милиционера, защищавших министерство (оба славяне по национальности), журналисты и прохожий школьник. До сих пор и в России, и в Латвии в ходу конспирологическая версия о том, что столкновения были спровоцированы "третьей силой", в которой видят то провокаторов с латвийской стороны, то сотрудников спецназа КГБ СССР.
Весной ОМОН начал совершать активные рейды за пределы Риги, ликвидируя латвийские таможенные посты. Омоновцы вели себя с латвийскими таможенниками, как с обычными преступниками. Врывались на пост, укладывали лицом в землю, конфисковывали оружие, если оно было, а пост сжигали. С литовской стороны в этом помогал "братский" ОМОН Вильнюса.
Сотрудники Вильнюсского ОМОНа, как и их рижские коллеги, начали с борьбы за независимость страны. В январе 1991 года Литва оказалась в глубоком кризисе, правительство пошло на повышение цен, что привело к демонстрациям протеста со стороны просоветских сил. От штурма недовольными Верховный Совет Литвы был спасен отрядом местного ОМОНа под командованием Болеслава Макутыновича (примечательно, что оба командира прибалтийских отрядов были этническими поляками, доля которых в национальном составе СССР не превышала 0,4 %). Но буквально через несколько дней, когда в Вильнюс вошли войска, отряд занял противоположные позиции и перешел в прямое подчинение МВД СССР. Злые языки связывали это с внеочередным присвоением звания Макутыновичу.
История с таможенными постами закончилась трагедией. В ночь на 31 июля на таможенный пункт в литовском Мядининкае на границе с Белорусской ССР произошло жестокое нападение. Семь сотрудников поста были убиты, один – тяжело ранен. В настоящий момент за это нападение отбывает пожизненный срок бывший сотрудник рижского ОМОНа Константин Никулин. Еще несколько человек объявлены в розыск и скрываются на территории России. Сами омоновцы свою причастность к атаке отрицают.
В августе в Москве начался путч ГКЧП, и Чеслав Млынник вскрыл секретный пакет, в котором содержались указания о действиях ОМОНа в условиях чрезвычайного положения.
Около суток понадобилось отряду Млынника, чтобы получить полный контроль над Ригой. Они заняли практически все государственные учреждения, за исключением Верховного Совета. Возле него ОМОН и ждал последнего приказа по наведению "конституционного порядка". Но штурм провалился вместе с путчем.
