В начале марта 1999 года в прессе появилась информация о том, что в список кандидатов в члены совета директоров компании РАО «ЕЭС России» попали Немцов и ряд других представителей правых сил. Оправившись после неудачного премьерства, Борис Ефимович снова бросился в большую политику, в этот раз думскую, — а тут Селезнев со своими публичными допросами! Он призвал лидеров СПС обнародовать источники финансирования своего предвыборного блока. Селезнев напомнил заявление одного из лидеров СПС Немцова о том, что они «люди не бедные». Спикер Госдумы отметил, что Немцов «нигде не работает, то есть, по старым законам, тунеядец», и в таком случае неясно, откуда у СПС берутся средства «на плакаты, рекламу, и непонятно, на что живут эти ребята». В Думу, конечно, Борис Ефимович попал, но выше статуса депутата больше никогда не прыгнул. Ставки были сделаны не на него, а на мало кому известного ленинградца Владимира Путина.
Логика выбора была проста — Путин фигура управляемая, не запятнавшая себя в крупных аферах девяностых, в отличие от того же Кириенко или Немцова. По замыслу семибанкирщины, режим олигархата должен был быть сохранен и после ухода Ельцина. Чего стоят заявления Бориса Немцова того времени: Владимир Путин самый достойный человек из всех кандидатов, которые намереваются участвовать в выборах президента России в 2000 году; следующим президентом должен быть Путин… По мнению Немцова, «Путин ответственный, честный, не боящийся принимать сложные для себя решения человек, который сформирует дееспособное, ответственное и грамотное правительство». Скоро и Немцов, и олигархи сильно пожалеют о своей поддержке бывшего чекиста, а Борис Ефимович посвятит свою сибаритскую жизнь бессмысленной борьбе с президентом, которая и приведет его на Большой Москворецкий мост, где он будет убит.
Во время нахождения в лидерах либеральной оппозиции Борис Немцов всегда будет чувствовать себя неуютно: не те соратники, не то положение в обществе, не те приемы у западных послов, не те украинцы, к которым он сбежал, чтобы служить советником у проамериканского президента Виктора Ющенко… В декабре 2010 года, будучи премьером, Владимир Путин в прямом эфире российского телевидения на вопрос «Чего на самом деле хотят Немцов, Рыжков, Милов и так далее?» ответил: «Денег и власти, чего они еще хотят?! В свое время они поураганили, в девяностых годах утащили вместе с Березовскими и теми, кто сейчас находится в местах лишения свободы, о которых мы сегодня вспоминали, немало миллиардов. Их от кормушки оттащили, они поиздержались, хочется вернуться и пополнить свои карманы. Но я думаю, что если мы позволим им это сделать, они отдельными миллиардами уже не ограничатся, они всю Россию распродадут». На это обиженный Немцов даже подал в суд. Суд его иск, конечно, отклонил.
