В мае — июне 1802 года тлинкитами была атакована Якутатская партия Ивана Кускова — будущего учредителя калифорнийской колонии Форт-Росс, а также почти поголовно вырезана Ситкинская партия партовщика РАК Ивана Урбанова. В сделанной позднее Кириллом Тимофеевичем Хлебниковым «Выписке о несчастных случаях, последовавших в бытность г. Баранова» среди прочих пунктов находим: «1802. В ситихинской партии Урбанова, в то время как взята крепость, убито колошами — 165».
Были захвачены и сожжены русское поселение Михайловское на острове Ситка и Михайловская крепость (крепость Св. Архистратига Михаила), где погибло 20 русских промышленников, 130 алеутов, эскимосы, служившие в РАК, — всего 250 человек. Тлинкиты разграбили и склад РАК.
А 13 июля 1804 года в гавань Св. Павла на острове Кадьяк вошла «Нева» Лисянского. Там Лисянского ожидало письмо А. А. Баранова с просьбой о помощи. Сам Баранов ещё по весне выступил со 120 русскими промышленниками и 800 алеутами на 4 кораблях и 300 байдарах к Ситке — «сворачивать» возникшую негативную ситуацию.
В сентябре силы Баранова и «Нева» соединились у Ситкинского залива и начались непродолжительные военные действия. Вскоре всё завершилось взятием индейской крепости — выстроенной, скорее всего, под влиянием янки, и очередным замирением с тлинкитами. В брошенной крепости осталось около сотни русских ядер, две небольшие пушки, несколько сломанных ружей, до полусотни трупов, и ещё одно, о чём сошедший на берег Лисянский позднее написал так: «…я увидел самое варварское зрелище, которое могло бы даже и жесточайшее сердце привести в содрогание. Полагая, что по голосу младенцев и собак мы можем отыскать их в лесу, ситкинцы предали их всех смерти».
По окончании боёв вместо разорённого Михайловского Барановым был основан Ново-Архангельск с крепостью о шести пушках. Он и стал столицей Русской Америки. Сразу же начались и строительные, и оборонные работы. Пока что приходилось жить, будучи постоянно готовым к отпору враждебным «колошам». Резанов, после прибытия в российские колонии, сообщал в Петербург: «Всюду в проливах выстроили крепости… пушки наши всегда заряжены, везде не только часовые с заряженными ружьями, но и в комнатах у каждого из нас оружие составляет лучшую мебель».
Лишь во второй половине лета 1805 года Лисянский ушёл из Ново-Архангельска курсом на южнокитайский порт Кантон (Гуаньчжоу). С 1757 года это был единственный китайский порт, открытый для иностранной торговли, а экспедиция имела, кроме прочего, и задание установить морскую торговлю с Китаем в дополнение к традиционной сухопутной, которую Россия вела с китайцами через пограничную восточносибирскую Кяхту в Забайкалье.
