Из Швейцарии он обратился к студенчеству с воззванием, призывающим готовиться к перевороту. В этом воззвании, в частности, были следующие слова: «Будьте же глухи и немы ко всему, что не дело, ко всему, что не мы, не народ». Сам Нечаев, узурпировав право говорить и действовать от имени народа, ради этого вожделенного дела был готов на все, вплоть до обмана, провокации, подлога, преступления. (Так в свое время Нечаев признавался в любви Вере Засулич, но та, будучи умной барышней, быстро сообразила, что дело вовсе не в любви, а исключительно в желании Нечаева привлечь ее к работе за границей.)
В Швейцарии Нечаев, выдав себя за представителя якобы существующего в России центрального революционного комитета, сблизился с Бакуниным, которого поразил силой своего характера и фанатичной преданностью революционной идее. Вместе с Бакуниным он издал в Женеве два номера журнала «Народная расправа», на страницах которого развил свою концепцию заговора и бунтарско-анархистское понимание задач революционного движения. В частности Нечаев настаивал на самых решительных террористических действиях не только по отношению к представителям власти, но и по отношению к публицистам проправительственного и даже либерального лагеря.
Осенью 1869 года с удостоверением за подписью Бакунина, в котором говорилось, что он состоит членом «Русского отдела Всемирного революционного союза», Нечаев возвращается в Россию. В Москве он энергично вербует членов в революционные ячейки, вводя в заблуждение доверившихся ему людей небылицами о «Всемирном революционном союзе» и обществе «Народная расправа». Разумеется, все это Нечаев делает во имя революции и блага народа. Во имя тех же идеалов он убедил своих ближайших товарищей, в числе которых был и литератор Иван Прыжов, убить члена их кружка студента Иванова. Нечаев обвинил Иванова в предательстве, поскольку Иванов казался ему слишком независимым, а следовательно опасным для дела человеком. Одновременно с ликвидацией предателя ячейка как бы «связывалась» его кровью. Подобные методы, получившие впоследствии название «нечаевщины», были теоретически разработаны и обоснованы Нечаевым в «Катехизисе революционера».
Вскоре после убийства студента Иванова в гроте Петровской сельскохозяйственной академии нечаевская организация была раскрыта. К следствию по нечаевскому делу было привлечено более 300 человек, 87 из которых предстали перед судом. Сам Нечаев, однако, и на этот раз сумел скрыться за границей.
