В результате следующие сто лет прошли в непрерывных склоках между представителями чешских сословий и государями из дома Габсбургов. Чаша судеб колебалась: иногда верх одерживал король (точнее, император, ведь Габсбурги правили империей), иногда сейм диктовал монарху свою волю. Чехия боролась за свободу вероисповедания, за право выбирать короля и за сохранение других привилегий, дарованных еще императором Карлом IV. Габсбурги же, за редким исключением, стремились к абсолютной власти и искоренению протестантской ереси. В этом противостоянии были яркие моменты, одним из которых стал так называемый «Кровавый сейм» 1547 года. Фердинанд I, воевавший с саксонским курфюрстом Иоганном, не смог собрать войска в Чехии, так как представители военного сословия и простой народ скорее сочувствовали протестантам-саксонцам, чем своему королю-католику. Все же Фердинанд разбил саксонцев, а затем направился со всей своей армией в непокорную Прагу, где как раз собрался сейм. Город капитулировал, и император принялся чинить расправу: два дворянина и два горожанина были казнены, Прага и другие чешские города, а также сейм лишились многих привилегий. Эта утрата политических свобод стала поражением сословий Чехии, а за ним последовала атака на протестантскую церковь. До костров дело не дошло, но, дабы вселить в еретиков страх Божий, Фердинанд призвал иезуитов — известных специалистов в этой области. Их орден появился в Праге в 1556 году, и император пожаловал им несколько костелов. Справедливости ради отметим, что Прага обязана первому Габсбургу не только пришествием иезуитов, но и прекрасным Королевским садом и зданием Летоградка (Королевского летнего дворца), который возвели в 1538–1563 годах.
После смерти Фердинанда в 1564 году империя Габсбургов, включавшая Австрию, Венгрию и Чехию, а также иные, более мелкие владения, отошла к его сыну Максимилиану II. Он славился как человек веротерпимый, но надеждам, которые возлагали на нового правителя, было не суждено осуществиться: католическая реакция в Чехии продолжала наступать.
Максимилиан правил недолго и умер в 1576 году, оставив трон старшему сыну Рудольфу II (1552–1612). Этот молодой властитель оказался личностью неординарной и настолько странной, что мнения о нем современников и историков весьма противоречивы. Трудно сказать, было ли его тридцатипятилетнее правление благом для Чехии, но вот Праге оно, безусловно, пошло на пользу: Рудольф покинул Вену и сделал Прагу своей резиденцией и столицей империи. На время к городу словно бы вернулся блеск прежнего величия, настал пусть не новый «золотой век», но что-то весьма на него похожее: королевский дворец в Граде перестраивали, расширяли и украшали, в садах рядом с ним появился зверинец, возводились новые костелы, сокровища искусства стекались в императорскую кунсткамеру, а главное, Прага стала желанным прибежищем для ученых, художников и искусных мастеров со всей Европы. Для мошенников и авантюристов, кстати, тоже, но тут уж ничего не поделаешь — ибо странный император их вовсю привечал.
