После университета Афанасьев работал комсомольским секретарем в Красноярске — недалеко от тех мест, где сидел его отец. Никаким радикалом он тогда, разумеется, не был. Он верил в “безграничные возможности” партии. С друзьями он разговаривал о великих перспективах ленинской идеологии и об исполинской ГЭС, которую они — вернее, рабочие — возводили.
“Этот энтузиазм продержался до конца 1960-х, — замечал Афанасьев, — до времени, когда Брежнев взялся реанимировать Сталина”.
Вернувшись в Москву, Афанасьев работал в аппарате ЦК комсомола, а затем защитил диссертацию по истории: его специальностью стала французская историография. Он был достаточно сообразителен, чтобы не пойти на кафедру советской истории (“вот уж где собрались одни идиоты и приспособленцы!”), но в своих статьях восхвалял все, что положено, и клеймил “преклонение перед Западом”. Многие годы в своих работах он доказывал, что “буржуазные историки” чрезвычайно недооценивают значение Октябрьской революции. Главным образом он, по его словам, “прочесывал их тексты на предмет «вопиющих недостатков»”.
Как и многие люди его поколения, Афанасьев развил в себе двоемыслие. Он так беспорочно служил генеральной линии, что его несколько раз отправляли на стажировку во Францию. В Париже Афанасьев читал книги диссидентов и эмигрантов. При этом он находился в академической среде, где мог позволить себе говорить чуть свободнее. Ко времени возвращения в Москву Афанасьев снова немного изменился. Он снова услышал горлопанов в подворотне, и его душа — или какая-то часть души — на них отозвалась. Ему становилось все труднее отрицать очевидное. Остатки его веры в коммунистические идеалы стремительно улетучивались. Польские студенты рассказали ему о сталинском приказе расстрелять в Катыни польских офицеров. На глазах Афанасьева его старших коллег, преподавателей истории, арестовывали или в лучшем случае увольняли за отклонения от курса и принуждали к молчанию.
На рубеже 1970–1980-х годов Афанасьев занимался “критикой буржуазной историографии” в московском Институте всеобщей истории и работал в журнале “Коммунист”, теоретическом органе ЦК КПСС. Когда к власти пришел Горбачев, Афанасьев написал ему несколько смелых писем о ситуации в советской исторической науке: он призывал генсека своей властью отменить ограничения для работы историков и открыть архивы партии и КГБ. Прямых ответов Афанасьев не получил. Но в 1986 году он был назначен на ключевую должность — ректором Историко-архивного института. Он немедленно воспользовался своим новым положением, выступив с первыми публичными лекциями с критикой Сталина и представив общественности нескольких новых людей, в том числе Диму Юрасова.
