В то же время с другой стороны к Шавлям подходил отряд генерала Дембинского. Таким образом, против 2500 человек и 5 орудий подполковника Крюкова оказалось 15 тысяч польских солдат и 29 орудий. На военном совете польские генералы решили атаковать Шавли и легкой победой поднять пошатнувшийся дух войск. Не сомневавшийся в успехе Гелгуд предложил русским сдаться. Но собранный Крюковым военный совет единодушно отверг это предложение. Тогда, окружив город, поляки на рассвете 25 июня атаковали Шавли с трех сторон. Однако Крюков умело расположил свои силы и отбил противника с уроном. Сражение разгорелось по всем направлениям. 7 раз поляки бросались на штурм города и дважды врывались в него, доходя до центральной площади. Но каждый раз защитники выбивали противника. В бой пошли даже денщики и нестроевые. «Трудно найти пример столь превосходной защиты, какую оказал здесь русский начальник по имени Крюков», — признавал позднее генерал Дембинский. В итоге, потеряв за 10 часов сражения 4 тысячи убитыми, ранеными и разбежавшимися, а также 400 человек пленными, поляки отошли. Общий урон отряда Крюкова составил 15 офицеров и 500 нижних чинов. В батальоне 3-го морского полка были ранены 7 человек и 2 пропали без вести. 7 офицеров получили боевые ордена, а 9 унтер-офицеров и 6 рядовых — Георгиевские кресты.
Неудача под Шавлями окончательно деморализовала войска Гелгуда. Через два дня его корпус распался на три отряда, которые стали самостоятельно пробираться в Польшу. Вскоре два из них оказались прижаты к границе и, спасаясь от русского преследования, сдались 1–3 июля в плен пруссакам. При этом поручик 7-го линейного полка Скульский с криком «Умри, изменник!» застрелил Гелгуда, которого мятежники считали главным виновником своих поражений. Отряду Дембинского удалось стремительным маршем 2-12 июля прорваться в Польшу. В его преследовании участвовала одна рота 3-го морского полка. После подавления восстания в Литве резервные батальоны морских полков двинулись в Россию. 10 августа они вернулись в Ригу, а в конце года — в свой 3-й округ пахотных солдат Новгородской губернии.
На главном театре боевых действий новый главнокомандующий граф И.Ф. Паскевич-Эриванский совершил в июне фланговый марш и, очистив северную часть Польши, перешел 4–8 июля Вислу у Осека. В это время 1-й и 2-й морские полки по-прежнему несли гарнизонную службу в Ломже в отряде генерал-майора Д. А. Герштенцвейга. 5 июля Паскевич велел Герштенцвейгу
