В городе Челябинске жена мещанина Николая Ивановича Шапошникова Акулина Христофоровна, 30 лет, от рождения страдала сильным заиканием. Акулина, находясь в Тобольске, дала обещание, что 13 июня, в день своих именин, отслужит молебен святителю Иоанну. И что же? 10 июня, когда она давала обещание, болезнь ее совершенно оставила.
Рясофорная послушница Богородице-Михайло-Архангельского женского монастыря Омской епархии Ксения Поспелова, страдала болью в животе, не могла ни пить, ни есть. В последние три месяца за сутки она могла употребить не более одной чайной чашки воды. Лечилась она в течение последних 3 месяцев в городе Омске, но никакого облегчения не получала. Дав обещание помолиться при раке мощей святителя Иоанна, она поехала в Тобольск. Со слезами она просила помощи у святителя Иоанна. Когда она прикладывалась к мощам, то почувствовала острую сильную боль в животе, как бы от удара. Боль продолжалась недолго. Прийдя в квартиру, она уже свободно могла пить и есть. «Вот прошло уже три дня с тех пор, никакой боли в животе не чувствую: исцелил меня батюшка Иоанн». Так закончила свое заявление Поспелова.
В 1847 году ученик Тобольской семинарии, высшего отделения, впоследствии священник Томской епархии Александр Костылев сильно заболел лихорадкой. Сперва он обращался к семинарскому лекарю, а потом и к другим. От лекарств, какие ему прописали для употребления, помощи и облегчения в болезни ему не было. Напротив, болезнь все более и более усиливалась так, что он был доведен до крайнего изнеможения. Наконец Костылев решил обратиться к молитвенному ходатайству митрополита Иоанна. Он занял денег и пошел в собор к вечерне. В соборе он попросил очередного священника отслужить в Златоустовском приделе панихиду по митрополите Иоанне. На следующий день лихорадка ослабела, пароксизма не было. Прошло еще несколько дней, болезнь не возвращалась, и больной вскоре совсем поправился.
Живший вместе с Костылевым, впоследствии священник Томской епархии Иван Федоров в продолжение 10 лет обучения в училище и семинарии каждодневно подвергался жестокой головной боли на одни сутки. Будучи свидетелем благодатного исцеления своего товарища, после панихиды по митрополите Иоанне он дал обет всегда молиться, как во время домашней молитвы, так и во время церковной, о упокоении души раба Божия митрополита Иоанна. «И, вот, с тех самых пор как дал этот священный обет, — говорит священник Иоанн Федоров, — я уже 18 лет нахожусь в полном здравии, мучительная головная боль совершенно прекратилась».
