В начале лета 1942 года были готовы первые образцы ЖРД «Вальтера» 109-509АО-1. Тяга двигателя могла изменяться от 300 до 1500 кг. Эти двигатели устанавливались на усовершенствованные планеры, получившие название Me-163V3 и Ме-163В.
Испытания продолжались пилотами Вольфгангом Спейтом и Рудольфом Опитцем, так как Дитмар получил тяжелую травму во время грубой посадки.
Было заказано 70 предсерийных Ме-163В-0. В начале 1943 года они были вооружены парой 20-мм пушек MG151/20 и получили обозначение Ме-163В-1а. Эти самолеты предполагалось использовать в качестве перехватчиков для обороны районов, над которыми проходили маршруты бомбардировщиков союзной авиации.
В начале лета разведка союзников получила доказательства существования программы ракетного истребителя и было решено нанести удары по заводам в Регенсбурге и по базе в Пенемюнде.
17 августа 1943 года эта операция была осуществлена авиацией США (заводы в Регенсбурге) и британскими ВВС (Пенемюнде). Эта операция существенно затруднила продолжение программы. Серийные Me-163В-1а были построены не в Регенсбурге, а на разбросанных поблизости заводах под общим наблюдением компании «Клемм». Однако качество сборки не устраивало заказчика, и в дальнейшем работы по совершенствованию конструкции были сосредоточены в руках компании «Юнкерс».
Ме-163В-1а был в основных чертах, подобием Ме-163В-1, но имел вооружение, состоявшее из двух 30-мм пушек Мк-108, установленных в крыльях и имевших по 120 снарядов на каждую. Кабина имела 90-мм бронестекло. Голову и плечи летчика сзади и с боков прикрывали стальные пластины. Кабина при отличном обзоре обладала существенным недостатком — она не была герметичной. С каждой стороны от пилота находилось два бака с окислителем по 60 л, а основной бак емкостью 1040 л был расположен за кабиной. За баком устанавливался ЖРД Вальтера 109-509-А-2. На носу фюзеляжа монтировался небольшой пропеллер для привода генератора электроснабжения. Горючее (500 л) размещалось в крыльях, имевших деревянную конструкцию с фанерной обшивкой.
16 августа 1943 года «Кометы» (так именовались все модификации Me-163) впервые столкнулись в воздухе с противником. И хотя всего было произведено около 300 «Комет», они имели только девять побед в воздухе, включая две вероятных. Причинами столь низкой боевой эффективности были как ненадежные двигатели и оружие, так и неотработанность тактики применения этих самолетов. Много усилий было направлено на совершенствование ЖРД. Был создан двухкамерный двигатель 109-509С, в котором большая камера использовалась на взлете и при наборе высоты, а меньшая — на крейсерском режиме.
