Однако, получив мощное вооружение, новый вариант «штуки» приобрел и ряд недостатков. Каждый из пушечных контейнеров весил более 300 кг, поэтому модернизированный «юнкерс» летал как бы постоянно с бомбами на борту. Аэродинамическое сопротивление контейнеров оказалось столь велико, что и без того маленькая скорость, характерная для Ю-87, уменьшилась на 40 км/ч. Наконец, заметно ухудшилась маневренность машины, но немцы все же пустили самолет в массовое производство.
Первые машины представляли собой переоборудованные серийные «штуки». Крыльевые пулеметы, трапеция для крепления бомб, подкрыльевые бомбодержатели и тормозные щитки демонтировались, но кронштейны для их крепления оставались, т. е. сохранялась возможность «дать задний ход» путем демонтажа пушек. Переоборудование производилось непосредственно в строевых частях: всего было переделано около 100 машин.
Следующая партия противотанковых «Юнкерсов», получивших название «Густав-2», изготавливалась уже в заводских условиях. Базовой машиной стал вариант Д-5, поэтому «Густав» отличался от предшественников увеличенным размахом крыла. Полностью отсутствовали не только тормозные щитки, но и кронштейны с приводными механизмами. Часть самолетов сохранила встроенные 20-мм пушки, на других они были сняты. Основным назначением этих автоматов была пристрелка перед использованием «главного калибра». Некоторые машины оборудовались трубчатыми пламягасителями на патрубки выхлопных труб. На таких самолетах можно было охотиться за танками и ночью.
Из 208 выпущенных «заводских» Ю-87 больше половины — 174 машины — построили на заводе в Лемверде. На последнем этапе войны противотанковые «штуки» использовались немцами для «латания дыр», возникавших при прорыве танков союзников. Самолет пользовался популярностью и получил у солдат Вермахта многочисленные прозвища, вроде «Птичка с пушкой» или «Убийца танков». Впрочем, столь громкие названия не устранили основной дефект Ю-87 — полную беспомощность перед истребителями противника, поэтому большой роли в войне эти машины не сыграли.
После появления на Восточном фронте новых советских танков немецкое командование решило усилить вооружение противотанковых самолетов. Поскольку возможности Ю-87 были практически исчерпаны, взоры конструкторов обратились к более тяжелому и современному Ю-88.
Летом 1942 года была создана модификация Ю-88, оснащенная шестью пусковыми трубами для реактивных снарядов калибра 210 и 280 мм! Эта модель показала довольно неплохие результаты во время испытаний, но в серию не пошла. Примерно в это же время в качестве полевой модификации собирался ФВ-190Г-8/Р5, оснащавшийся аналогичными 210-мм ракетными установками, но в штучном количестве.
