В Великом Княжестве Литовском, Русском и Жамойтском, впрочем, боролись с проявлениями радикальных религиозных теорий. Группа польских[34] антитринитариев осела в Троках, где они анализировали библейские тексты, как и жившие по соседству члены общины караимов «Хиззук Эмупах» («Крепость Веры»), руководимой Исааком Бен Абрахамом (1525–1586), который пусть и не переведенный на латынь до 1681 года, быт уважаемым философом эпохи Просвещения. Позже Вольтер писал про Исаака Абрахама:
«Даже самые свободомыслящие ничего не могут предложить более того, что можно найти в его Le Rampart de la Fуidu Rabbin Isaac».
Польские Вазы были католиками, потерявшими трон в Швеции за свою веру, и поэтому преференции двора сказывались на пестром религиозном фоне шляхты. Но по мнению короля дело Реформации зашло слишком далеко: католиков становилось все меньше и меньше.
Ксёндз Пётр Скарга (1536–1612), когда-то ректор иезуитской академии в Вильне, предсказал день расплаты греховной республики. Другой иезуит, Святой Андрей Баболя (1591–1657), работавший в миссии Полоцка, а затем и Пинска, пал мученической смертью в Казацкой войне.
Трагедия началась в 1648 году. Казаки восстали на Украине, возглавляемые Богданом Хмельницким. Он послал казацкие войска против Польши, что спровоцировало серию будущих войн, повлекших утрату части территории Речи Посполитой. В 1654 году Московия присоединилась к войне, договорившись с казаками о совместных действиях против Польши и Литвы.
Это спровоцировало и Швецию, чья армия вошла в северную Польшу и северную Литву, заняв Вильню. Литовский великий гетман Януш Радзивилл заключил Унию со Швецией, чем вызвал волну возмущения среди шляхты. В 1655 году московская армия внедрилась в Украину, захватила ВКЛ, взяв штурмом Вильню, учинив в столице ВКЛ ужасный погром.
В 1655–56 годах король и великий князь Ян Казимир бежал из страны вместе с женой в Силезию, управляемую австрийскими Габсбургами. Это ужасное время позже получило название Потоп.
Во время Казацкой войны (и Потопа) в Речи Посполитой наступил период попрания конституционных прав, что в будущем лишь усугублялось. В политической системе, где шляхта и вырабатывает законы и продвигает их в жизнь, сейм имеет ту самую необходимую силу, чтобы выработать принципы единодушия. Депутаты привычно поддерживали эту процедуру до тех пор, пока дело не доходило до нужной точки; «право на вето» (liberum veto) служило этим целям исправно годами.
