Несмотря на то, что сопротивление Реформации со стороны католицизма было сильно, в Содружестве оно проходило только в мирных формах. В Литве, где протестантизм особенно прогрессировал, католики открыли ряд иезуитских коллегиумов в Вильне, Полоцке, Дерпте (Тарту), Орше и Витебске. В результате католикам удалось вернуть некоторую часть своей паствы в лоно Римского костёла и свести к минимуму конфликты между католиками и православными.
В принципе, угроза исходила не от религиозных конфессий внутри страны, а извне. Московия по-прежнему прилагала усилия, чтобы заставить православных рутенов (русин) Великого Княжества Литовского отречься от византийского православия и перейти под власть патриарха Московского.
После нескольких десятилетий такого противостояния и вмешательства в дела православных ВКЛ со стороны Москвы, большинство славянских православных епархий потребовали от церковного собора, состоявшегося в Бресте в 1596 году, решительных действий. Была сформирована новая Греко-Католическая Церковь, которая должна была защитить славянскую православную общину путем административного подчинения ее Папе римскому.
С того момента православная община в Великом Княжестве разделилась, как и в Украине, на униатов и антиуниатов. Униаты приняли союз с Римом. А антиунаты продолжали придерживаться прежней традиции, признавая патриарха Константинопольского. Тем не менее, рядовые православные верующие еще долго неохотно принимали греко-католиков. Иосафат Кунцевич (1580–1623), униатский патриарх Полоцка, был убит в Витебске разъяренной толпой противников униатства и брошен в воды Двины.
Украинские казаки, которые часто бесчинствовали в Речи Посполитой, тоже были яростными защитниками старого православия.
Что касается решения выбирать короля, как ныне выбирают президентов, то для большинства европейцев той монархической эпохи королевские выборы казались чем-то невообразимым. Но в польско-литовском содружестве, как и в Святой Римской Империи, это было фундаментальной конституционной процедурой.
В таких выборах должна была участвовать вся шляхта, составлявшая от 5 до 10 процентов населения Польши и ВКЛ. От 30 до 40 тысяч шляхтичей при оружии и знаменах собирались на поле Воли под Варшавой, оставаясь там до тех пор. пока не примется решение. Некоторые магнаты, такие как Радзивиллы, приезжали со своим войском (хорутвь, а то и две), привозили пушки. Они выбирали польского короля, который автоматически становился также и великим князем Литвы.
