Она вскоре умерла от рака (8 мая 1551 года). Ее царственный супруг был безутешен.
Остальное правление Сигизмунда-Августа проходило в тени разбитых мечтаний.
Третья женитьба великого князя и короля на Екатерине Габсбург (младшей сестре его первой жены Елизаветы, умершей в 1545 г.) подчеркнула контраст между упадком рода Ягеллонов и стремительным взлетом их родственников Габсбургов. Более того, омраченный смертью любимой Барбары, польско-литовский монарх заявил, что скорее умрет, чем будет разрывать союз Польши с Литвой в угоду Габсбургам.
Благоприятный поворот во внешних делах произошел в 1561 году. Готхард Кеттлер (1517–1587), великий магистр рыцарей Ливонии, в условиях Ливонской войны был озабочен возможностью дальнейших нападений на земли его Ордена датчан, шведов или вновь московитов.[31] Кроме того еще и Реформация подтачивала устои его страны.
Помощи он искал у Сигизмунда-Августа, думая поступить в том же ключе, как раньше сделал магистр бывшего Тевтонского Ордена. Кеттлер распустил свой Орден, принял лютеранство и превратил Ливонию в светское государство. После быстротечной маленькой войны, в которой участвовали и Дания со Швецией на стороне ВКЛ, Литва аннексировала южную Ливонию, а Кеттлер стал графом Курляндии, которую он содержал в качестве лена Литвы. Швеции досталась вся Эстония, а Дании — эстонский остров Эзель. Отныне Сигизмунд-Август стал главой вассальной Пруссии, отошедшей к Польше, и правителем Курляндии-Ливонии.
В 1566 году был опубликован Второй Литовский Статут — доработанный и расширенный вариант первого. Напечатан он был тоже по-русски, точнее, на русском языке Белой Рутении. Дополнения включат подтверждение равенства католической и православной церквей перед законом, распространение литвинской юрисдикции на юго-западную Волынь и указание новых привилегий шляхты, в которых ограничивалась власть короля.
Королевство самого Сигизмунда-Августа в этот момент находилось в состоянии шаткого мира с Московией. Пятая война московитов закончилась в 1537 году перемирием, но не соглашением о мире. Великое Княжество второй раз разгромило московское войско под Оршей в 1564 году, во время Ливонской войны, и получило прямой выход к морю, приобретя Митаву (ныне Елгава) и Ригу. Но и Москва также впервые за всю свою историю приобрела свой первый проход к Балтийскому морю — ею был взят эстонский город Нарва. Дальнейшего продолжения войны ожидали все.
К середине 1560-х годов стало ясно, что династия Ягеллонов доживает свой век. Сигизмунд-Август был уверен, что его смерть привнесет хаос, если следующий великий князь литовский не продолжит союз с Польшей. Сейм, собравшийся в Люблине, за три дня до рождества 1568 года должен был решить дальнейшую судьбу обеих стран. Сигизмунд-Август всех торопил.
