Однако и деятельная жизнь била в Кремле в эти дни ключом. По воле Бориса Годунова и главы Посольского приказа Василия Щелкалова были закрыты границы Руси с западными странами. Из Москвы не выпускали никого из посольских и торговых людей. Патриарх Иов разослал по всей державе гонцов. По его воле созывались из всех епархий митрополиты, архиепископы, архимандриты и епископы, потому что Иов понял раньше других, что на Руси наступит чреватое последствиями междуцарствие.
Оно наступило совершенно неожиданно и непредсказуемо. На десятый день, в ночь на шестнадцатое января, к чёрному крыльцу подкатил крытый возок, запряжённый вороной кобылкой. Из дворца вышла закутанная в чёрный плащ царица Ирина. Она села в возок, кучер погнал лошадь к Предтеченским воротам. Тому были свидетелями стражи у ворот, но кто покинул Кремль, они не ведали.
Одной из первых узнала об исчезновении царицы Ирины Маша Измайлова. Она пришла убирать постель, как всегда, а царицы и след простыл. И в молельне её не было. Девушка растерялась, но смекнула, что надо кого-то уведомить, и побежала к своему жениху. Он ночевал в палатах и встал уже, шёл на молитву в Благовещенский собор. Маша догнала его возле дверей:
— Беда у нас, сокол мой! — с ходу сказала Маша. — Царица-матушка пропала.
— Как это пропала? — удивился Михаил.
— Нет её в покоях. Да и шубы горностаевой — тоже. Коль тепло оделась, то далеко укатила, — ответила сообразительная Маша.
Михаил не растерялся. Он подумал о патриархе Иове, решил в первую голову уведомить его.
— К патриарху я побегу. А ты поспеши к боярину Борису Годунову, — сказал Михаил и убежал.
Патриарх молился, когда Михаил примчался в его покои. Услужитель отец Николай, увидев взволнованного Шеина, сразу повёл его в молельню. Едва вошли в неё, как патриарх прервал молитву. Михаил всё выложил Иову на одном дыхании:
— Святейший, в ночь царица Ирина скрылась из дворца, и никто не ведает, куда уехала.
Патриарх побледнел, на лбу выступил холодный пот. Сердце сжалось от боли. «Зачем ты, матушка, так безрассудно поступила?! — воскликнул он в душе. — Боярская дума, аки лавина, сметёт трон и будет править державой своим именем».
— Сын мой, позови ко мне немедленно правителя Бориса, — сказал Иов. — И не мешкай нигде, никому ни слова, что царицы нет во дворце. Беги!
Пока Михаил летел к Годунову, патриарх попытался размышлять и счёл, что нужно и дальше управлять державой именем царицы Ирины. Это его долг, как первосвятителя.
