Третий период продолжается от Насира Туси до сефевидского Ренессанса в Иране. Его расцвет относится к деятельности Исфаханской школы Мир Дамада (ум. в 1631 г.) и его учеников. Этот необычайно плодотворный период, подготовивший Ренессанс шиитской мысли. С одной стороны Алламех Хилли и Афзал Кашани продолжили развитие школы Насира Туси. С другой стороны произошла необычная конвергенция идей Ибн Араби (ум. в 1240 г.), эмигрировавшего из Андалусии на Восток с идеями Наджмеддина Кубра, принесенными его учениками, бежавшими из Центральной Азии от монгольского нашествия в Иран и Анатолию. Встреча этих школ определила взлет метафизики суфизма. Саадуддин Хамуйех или Хамуи (ум. в 1252 г.), ученик Наджма Кубра и Ибн Араби был значительной фигурой шиитского суфизма своей эпохи. Его произведения распространялись его учеником Азизом Несефи. Ала уд-Давля Семнани (ум. в 1336 г.) был одним из величайших мастеров эзотерического толкования. Садрауддин Коньяви совместил в своих трудах влияние Ибн Араби и Насира Туси. На глубоком уровне обсуждалась проблема валайата. Ее новое толкование дал в свете источников шиитского гнозиса Хайдар Амоли (VIII/XIV в.). Имела место и другая конвергенция: падение Аламута предопределило "вливание" исмаилитов в суфизм, у шитов наблюдается та же тенденция. Хайдар Амоли потратил большие усилия для того, чтобы сблизить шиизм и суфизм. С позиций мистической теософии им была написана критическая история философии и богословия в Исламе. Ученик Ибн Араби, восхищавшийся своим учителем и комментировавший его труды, он расходится с ним в сущностно важном пункте. Его современником был Раджаб Борси, написавший в 1372 г. работу, чрезвычайно важную для понимания шиитского гнозиса. Сюда нужно добавить имена чрезвычайно плодовитого автора, великого суфийского шейха Шаха Нигматуллы Вали (ум. в 1431 г.); двух шиитских учеников Ибн Араби, Зайнуддина Торкеха Исфахани (ум. в 1427 г.) и Мухаммеда Шамсуддина Лахиджи (ум. в 1512 г.), комментировавшего произведения знаменитого азербайджанского мистика Махмуда Шабестари (ум. в 1320 г., в возрасте 33 лет).
Четвертый период, названный здесь сефевидским Ренессансом, связан с Исфаханской школой и ее учителями Мир Дамадом (ум. в 1631 г.), Муллой Садра Ширази (ум. в 1640 г.), их учениками и учениками их учеников (Ахмад Алави, Мохсен Фаиз, Абдурраззак Лахиджи, Кази Сеид Кумми). Это беспрецедентный период в исламской философии, которая, как считалось еще совсем недавно, кончилась со смертью Аверроэса. Эти великие мыслители эпохи доказали, что сокровенной сердцевиной шиитского мышления является нерасторжимое единство веры и гнозиса, пророческого откровения и философского размышления. Монументальный труд Муллы Садра включает в себя бесценный комментарий корпуса шиитских традиций Кулайни. Многие другие брали его за образец, например, великий теолог Маджлиси, составитель Бихар аль-анвар (Океана светочей), не испытывавший симпатии к философам, но тем не менее сам часто занимавшийся философствованием. Этот процесс продолжался до каджарской эпохи, к которой относится расцвет школы шайхи, продолжающийся начиная с Шейха Ахмада Ахсаи (ум. в 1826г.) до наших дней.
