Великая вера Мюллера видна не только в его великом и ответственном труде, но и в том, как он переносил скорби и испытания. Он подчинялся воле Божьей, какая бы жертва от него ни требовалась. Если Бог нашел необходимым взять к Себе лучшего друга Мюллера, его спутницу жизни, он остался тихим и спокойным, покорным воле Божьей.
Мюллеру немало приходилось страдать и от сплетен и клеветы. Он убедился, что все, желающие служить Господу, подвергнутся клевете. Так, много раз распространяли ложные слухи о приютах: сироты терпят будто бы голод из-за упрямства Мюллера, не желающего обращаться к людям за помощью. В другой раз говорили, что с детьми обращаются очень жестоко. Кто-то даже пустил слух, что Мюллеру пришлось закрыть несколько приютов за недостатком средств, хотя он в открытых собраниях вслух будто бы просил у Бога помощи и т. п. Но Мюллер своей верой, облеченной в любовь, победил все эти сплетни.
В 1895 г. Мюллер похоронил свою вторую жену. В этом случае он проявил удивительную силу веры и характера, и всем стало видно, как хорошо быть в общении с Богом. Хотя его спутница была для него незаменимой помощницей во всех делах и многих путешествиях, тем не менее он не выявлял особого горя, как это бывает с другими людьми. У него остался еще его Бог, и этого для Мюллера было достаточно, и он, как дитя, отдался в руки Небесного Отца, хотя потеря была великая. Он сам сказал похоронную проповедь со спокойной душой и твердой верой. Один из его слушателей свои чувства тогда описал следующими словами:
«В прошлую пятницу мне удалось присутствовать при погребении супруги Мюллера. Похоронами руководил сам Мюллер от начала до конца. Он, как почтенный 92-летний старец, был исполнен и теперь той великой силой веры, которой он трудился во время всей своей долгой жизни. Верный слуга Божий, своей сильной верой побеждавший всякое искушение, так же спокойно и теперь принял эту тяжелую утрату».
В 1897 г. Мюллер был приглашен на годичное собрание Британского и Иностранного Библейского общества. Не имея возможности поехать туда, он писал: «Будьте так добры и передайте, что Слово Божие для меня дорого уже более 68 лет. За это время с молитвой и размышлением я прочитал Библию 150 раз и во славу Божию могу засвидетельствовать, что как все книги Ветхого завета, так и Евангелия в Новом завете, послания апостолов и Откровение Иоанна считаю Словом Божиим, написанным Божиими человеками, движимыми Духом Святым. Я люблю это слово и глубоко убежден, что оно должно быть распространено во всех народах. Чтобы это случилось, я молился и прилагал все свои усилия, так что оно было переведено и распространено среди многих народов. Пусть Господь благословит Свое Слово, чтобы были спасены еще многие тысячи блуждающих во тьме».
