Еще один очень важный вопрос всегда находился в центре внимания Тимошенко. Он хорошо понимал, что поднять в короткие сроки боеготовность и боеспособность войск невозможно без коренного улучшения воинской дисциплины, состояние которой вызывало серьезную озабоченность. Во время войны с Финляндией в войсках были случаи саморанений и дезертирства красноармейцев и младших командиров, а также уклонений от участия в боевых действиях. Далеко не лучшим образом обстояли дела с дисциплиной и в повседневной жизни Красной Армии. Широкое распространение получили самовольные отлучки, наблюдался сон на посту, допускались пьянство и другие проступки. Не случайно в акте о передаче дел бывшим НКО Ворошиловым новому наркому указывалось: "Воинская дисциплина не на должной высоте и не обеспечивает точного выполнения войсками поставленных им боевых задач"{16}.
Для выправления положения следовало принять самые крутые и жесткие меры. 8 июля, т.е. ровно через месяц после назначения на пост наркома Тимошенко обратился в Политбюро ЦК ВКП(б) с запиской, в которой указал на то, что предусмотренные Уголовным кодексом РСФСР наказания за воинские преступления не способствуют укреплению дисциплины в Красной Армии. Так, привлечение рядового и младшего начальствующего состава к уголовной ответственности за самовольное оставление части предусматривалось лишь тогда, когда его продолжительность превышала шесть суток. Ставя вопрос о всемерном ужесточении наказания за самовольные отлучки и другие воинские преступления, Тимошенко писал: "Необходимо пересмотреть Уголовный кодекс РСФСР, особенно главу девятую "Преступления воинские", и издать Указ Президиума Верховного Совета... о воинских преступлениях, который являлся бы общесоюзным законом". И уже 30 июля 1940 года был издан проект нового закона СССР "Об ответственности за воинские преступления".
11 июня 1940 года нарком подписал приказ "О ликвидации безобразий и установлении строгого режима на гауптвахтах", а 6 июля был опубликован Указ Президиума Верховного Совета СССР "Об уголовной ответственности за самовольные отлучки и дезертирство" Согласно этому документу, военнослужащие срочной службы, за совершение самовольной отлучки по приговору Военного трибунала направлялись в только что созданные дисциплинарные батальоны на срок от трех месяцев до двух лет.
Однако Тимошенко вскоре убедился, что дисбаты плохо выполняют возложенные на них задачи. Батальоны переполнялись осужденными, среди которых было немало таких красноармейцев, которые совершили незначительные проступки, за что их, если и следовало наказать, то не более строго, чем в дисциплинарном порядке. Нарком потребовал полного изжития подобных случаев.
