Специфика боевых действий на реках делала неизбежным ведение огня прямой наводкой, что требовало усиления конструктивной защиты. Но броня кораблей проекта 1124 выдерживала лишь попадания пуль обычного калибра на дистанциях более 100 м или крупнокалиберных на дистанциях более 200 м. Фугасный или бронебойный снаряд пробивал броню цитадели и боевой рубки, поражая личный состав и жизненно важные части катера.
Бронекатера гибли от артиллерийского, минометного и пулеметного огня на дистанциях боя около 100 м. Так, в 1941–1942 годах на Балтике и Волге из девяти погибших БКА шесть были расстреляны артиллерией с дистанции в несколько сотен метров. По этой причине уменьшение потерь шло за счет улучшения тактики применения (поддержка артиллерией крупных калибров и организация взаимодействия). Эти быстроходные и маневренные корабли прорывались в тылы противника, громили его переправы, высаживали десанты.
Краснознаменная Днепровская флотилия в 1943–1945 годах от авиации потерь не имела, это объясняется, главным образом, малыми размерениями БКА, позволявшими им хорошо маскироваться под берегом и в прибрежных зарослях.
Благодаря небольшой осадке бронекатера подходили вплотную к берегу там, где это считалось невозможным. В то же время эти сугубо речные корабли ходили в море. До войны волна в 3 балла считалась для них пределом, но в 1944 году четыре бронекатера на буксире за тральщиками проследовали из Азовского моря в Одессу. В шторм буксирные тросы порвались. При волнении 6–7 баллов катера сумели своим ходом дойти до берега, затем три из них — до Одессы (220 миль по открытому морю).
Моряки ценили высокую боевую живучесть бронекатеров. Если не выходил из строя двигатель, катер вел бой, даже получив несколько попаданий. По рассказам командующего Ладожской флотилией В.С. Черокова о подвиге экипажа БКА № 100: «Бронекатер получил более 20 прямых попаданий. Возник пожар. Перебило рулевое управление. Из пробоин хлестала вода. А моряки все вели огонь».
Зарегистрировано немало случаев попадания снарядов в бензоотсек, но топливо, как правило, не возгоралось и не взрывалось благодаря тому, что сюда, как отмечалось выше, подавались отработавшие газы от двигателей.
Нужно отметить, что армия Великобритании в 1938 году начала строить средний десантный катер огневой поддержки, или LCS(M), с противопульным бронированием цитадели, вооруженный каждый двумя 12,7- мм пулеметами Виккерса, 102-мм дымовым минометом и двумя легкими пулеметами.
