БКА в 1942–1943 годах прикрывали и поддерживали артиллерийским огнем приозерные фланги войск 7-й отдельной армии и 32-й армии, высаживали десанты, обеспечивали коммуникации, боролись с авиацией и силами противника на Онежском озере. В Свирско-Петрозаводской операции 1944 года содействовали сухопутным войскам в форсировании реки Свирь (23 июня), высадили тактические десанты на о. Б. Климецкий (23 июня), в бухту Лахтинскую (26 июня), Уйскую губу и в Петрозаводск (28 июня). При содействии сил флотилии и войск десантов 28 июня советские войска освободили Петрозаводск. Флотилия расформирована 10 июля 1944 года.
Создана 3 июля 1941 года и воссоздана 18 июня 1944 года с переформированием 25-го отдельного дивизиона катеров в бригаду речных кораблей КБФ на Чудском озере (капитан 2 ранга А.Ф. Аржавкин). 9 июля к первому катеру № 103/374 добавилось еще три: № 308/376 «Трудящийся Татарии», № 3 09/378, № 310/396.
16 августа 1944 года бригада высадила части 191-й стрелковой дивизии, а затем до 19 августа осуществляла перевозку еще двух дивизий. 29 сентября в связи с уходом фронта от Чудского озера началась передислокация катеров из Гдова в Ораниенбаум, а 14 ноября ее расформировали.
Волжская военная флотилия
Для подготовки кадров в июле 1941 года на Волге сформирован Учебный отряд кораблей, созданный на базе эвакуированной школы специалистов Пинской флотилии. В отряд вошли четыре бронекатера проекта 1124.
Затем, 27 октября 1941 года, из Учебного отряда сформирована Волжская военная флотилия (ВВФ). Корабли тралили мины, поставленные авиацией противника на Волге от Астрахани до Саратова, осуществляли ПВО речной коммуникации, конвоировали караваны и отдельные суда с грузами.
С 24 июля Ставка Верховного Главнокомандующего подчинила ВВФ командующему Сталинградским фронтом, и 5 августа она включилась в героическую оборону города, оказывая войскам огневую поддержку, высаживая десанты, охраняя коммуникации и производя воинские перевозки через Волгу.
ВВФ командовали: капитан 1 ранга С.Г. Сапожников (октябрь-ноябрь 1941 г.); контр-адмирал С.М. Воробьев (ноябрь 1941 — февраль 1942 г.); контр-адмирал Д.Д. Рогачев (февраль 1942 — май 1943 г.); контр-адмирал Ю.А. Пантелеев (май-декабрь 1943 г.); капитан 1 ранга П.А. Смирнов (декабрь 1943 — июнь 1944 г.).
Для несения конвойной службы наиболее приспособленными оказались четыре бронекатера проекта 1124: № 71/308; № 32/316: № 73/318; № 75/319, вооруженный каждый двумя 76,2-мм пушками Лендера и спаренными 12,7-мм пулеметами в башне ДШКМ-2Б.
