Адмирал В.С. Чероков отмечал, что осенью БКА № 99 и № 100 стояли насмерть на Неве — у Ивановских порогов, на рубежах Свири, тонули и горели, ремонтировались и снова шли в бой. Бронекатер № 100 на реке Свирь 23 сентября был поврежден артиллерией противника, а БКА № 99 затерло льдами 18 ноября на переходе из Новой Ладоги в Морье. После ремонта он вернулся в строй.
В 1942 году БКА воевали в составе Шхерного отряда КБФ, Истребительного отряда охраны водного района (ОВР) Ленинградской военно-морской базы (ВМБ) и дивизиона БКА Ладожской военной флотилии. Корабли прикрывали артиллерией дозоры и караваны между Ленинградом и Кронштадтом. Десантные операции на реках проводились реже, но БКА сыграли в них большую роль. Их количество в составе того или иного соединения менялось в зависимости от оперативной обстановки. Корабли иногда передавали в оперативное подчинение армейского командования.
БКА участвовали в морском бою 22 октября 1942 года, в котором разгромили мощную группу кораблей противника, пытавшуюся высадить десант на о. Сухо. В знаменитой Тулоксинской десантной операции 23–27 июня 1944 года, несмотря на штормовую погоду, катерники высадили около 5000 морских пехотинцев, эти же «бессмертные» катера шли к самому берегу и расстреливали уцелевшие после артподготовки огневые точки врага.
Для усиления огневой мощи катерники порой устанавливали на своих бронекатерах импровизированное вооружение. Так, зимой 1942–1943 года в 7-м дивизионе катеров Охраны водного района (ОВР) Ленинградской военно-морской базы на каждый ствол 76,2-мм пушки БКА-101 и БКА-102 сверху хомутами укрепили по одной направляющей для 82-мм снарядов М-8. Корабли несколько раз обстреливали такими снарядами побережье, после чего танковые пушки могли нормально вести огонь. По воспоминаниям командира дивизиона В.В. Чудова, БКА-101, находясь северо-западнее о. Лавенсаари, выпустил два снаряда М-8 по немецкому малому миноносцу типа «Т». Однако при низкой кучности стрельбы это создавало большую опасность для катера, чем для противника, поэтому нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов приказом от 24 января 1943 года запретил изготовление подобных самодельных пусковых установок.
В битве за Ленинград БКА помогли 4-й армии сдержать отчаянный натиск частей вермахта на берегу древнего Волхова: поднялись по нему до устья Тигоды и здесь, маневрируя на мелководных лесных реках и речушках, в самом полном смысле играли роль танков, обеспечивая огневую поддержку пехоте.
