Наличие в столице нескольких университетов объясняется так же, как и наличие в Берлине двух зоопарков или двух аэропортов. Дублирование обусловлено разделением города в прошлом на западную и восточную части. Изначально в Берлине, как и в других городах Германии, был только один университет: университет Фридриха Вильгельма, названный по имени императора Фридриха Вильгельма III, подписавшего указ о его основании.
Открытый в 1809 году (через 54 года после Московского университета) учебный центр был гордостью прусской столицы. Главным вдохновителем создания берлинского университета стал Вильгельм фон Гумбольдт – один из двух братьев фон Гумбольдт, каждый из которых был ученым и исследователем мирового уровня. В отличие от своего брата Александр больше тяготел к естественным наукам. Он, кстати, получил от российского императора Николая I грант на географическое путешествие по России от Каспия до Сибири, путешествовал по Южной Америке, описывая местный климат, гидрографию, геологию и изучая местные растения. А вот Вильгельм фон Гумбольдт был филолог и реформатор образования. Именно он сформулировал современную концепцию высшего образования. На смену средневековому принципу университета как центра только обучения (в первую очередь теологического и гуманитарного, в рамках четырех классических факультетов: философского, теологического, юридического и медицинского) должна была прийти концепция университета как одновременно научного и учебного центра. Причем с сильнейшей естественно-научной составляющей и упором на эксперимент и практику как методы исследования предмета. Профессора университета должны были не только заниматься обучением студентов, но и вести научную деятельность, осуществляя прикладные исследования. Студенты тоже должны были не только слепо перенимать от преподавателей знания, но и непосредственно участвовать в научной работе университета. Эта концепция применяется сегодня во всех университетах мира, а тогда она была совершенно новаторской и прорывной.
Университет Фридриха Вильгельма быстро превратился в крупный и престижный научный центр Европы. Именно здесь работали физик и врач Герман фон Гельмгольц, открыватель возбудителя туберкулеза и пионер вакцинации Роберт Кох. После окончания Второй мировой войны и разделения Берлина на оккупационные сектора между советскими, американскими, британскими и французскими властями, центральное здание университета на улице Унтер-ден-Линден осталось в советском секторе, хотя многие здания факультетов и лабораторий были распределены по другим секторам, по всему городу жили и студенты университета.
